В Ефиме Лукьяновиче прекрасно сочетались талант организатора и ученого. Он внимательно следил за развитием винокуренного производства в Сибири, участвовал на съездах с научными докладами.

Имея огромный научный авторитет, он не раз приглашался в качестве консультанта, эксперта на винодельные, сахарные и крахмалопаточные предприятия России с целью улучшения их работы. Владельцы винокуренных заводов часто приглашали его для устранения неполадок на производстве вследствие устаревшего оборудования и отсутствия хорошо подготовленных винокуров. Ефим Лукьянович совместно с лаборантом, а впоследствии профессором института С.В. Лебедевым разработал и запатентовал способ «химической очистки спирта» перед ректификацией. Способ этот был введен на 26 ректификационных заводах Сибири и Европейской России.

Будучи крупным специалистом по технологии сахарного производства, Е.Л. Зубашев пытался привить в Сибири культуру сахарного производства на основе свеклы. С этой целью он выезжал в Минусинский край, где изучал природные условия для организации посевов сахарной свеклы. Уже после революции его идею реализует профессор С.В. Лебедев, создав на Алтае и в других местах Сибири свеклосахарные заводы. Но события Гражданской войны приостановили эти начинания.

Профессор много делал и для распространения новых технических достижений среди сибирских промышленников. Им был основан в Томске отдел Императорского Русского технического общества, объединивший местных техников. Его торжественное открытие состоялось 26 октября 1902 года в актовом зале Технологического института. Председателем был избран Е.Л. Зубашев.

Также Зубашев занимался вопросами развития кустарных промыслов Томской губернии, изучением проблемы строительства Томско-Енисейской железной дороги, Северо-Восточного морского пути, подготовил и опубликовал ряд работ по этим вопросам.

Ефим Лукьянович всячески способствовал участию профессоров ТТИ в международных конгрессах, публикации научных статей в зарубежных журналах. Ряд ученых ТТИ были избраны членами многих иностранных академий и различных научных обществ. В 1903 году вуз начал издавать журнал «Известия ТТИ». До 1916 года вышло 39 томов, в которых было опубликовано свыше пятисот работ ученых ТТИ по различным отраслям науки и техники. За эти годы было издано также 70 учебников, учебных пособий и курсов лекций преподавателей и профессоров ТТИ.

По инициативе Зубашева в 1902 г. в главном корпусе ТТИ были открыты вечерние общеобразовательные курсы по программе средних учебных заведений для работающей молодежи. Многие слушатели этих курсов стали впоследствии студентами и успешно закончили институт.

Он был сторонником женского образования в России, и Совет института неоднократно ставил вопрос о зачислении девушек в институт, но получал отказ Министерства просвещения. Он принял активное участие совместно с профессорами института и университета в организации и открытии в Томске Сибирских высших женских курсов.

Среди научной общественности завоевал большой авторитет, его взгляды о путях развития высшего образования в России находили поддержку среди руководителей вузов и профессорско-преподавательского состава. Неоднократно участвовал в работе совещаний, проводимых Министерством просвещения по вопросам развития высших учебных заведений в России. Он неоднократно получал приглашения от столичных вузов занять вакантные должности профессора, но всякий раз отвечал отказом, считая необходимым завершить начатые работы в ТТИ.

В целях распространения начальных технических знаний и повышения квалификации рабочих им были созданы школа слесарей при механических мастерских, школа виноделов при химической лаборатории питательных веществ. Предполагалось строительство при институте опытного винокуренного завода как научно-вспомогательного учреждения за счет средств, отпускаемых на оборудование химической лаборатории и хозяев местных спиртоводочных предприятий. Однако эта идея по разным причинам не была осуществлена.

Директор по-прежнему не обделен вниманием министра финансов С.Ю. Витте. Осенью 1902 года он во время своей поездки на Восток заезжает в Томск и посещает в институте Ефима Лукьяновича.

Личные заслуги Ефима Лукьяновича в успешной организации Томского технологического института были отмечены высокой правительственной наградой. Об этом свидетельствует запись, сделанная в его формулярном списке о службе: «Высочайшим приказом по гражданскому ведомству от 1 января 1903 года за № 1 Всемилостивейше награжден орденом Св. Равноапостальского Князя Владимира 4 ст.».

Успешная деятельность Е.Л. Зубашева на посту директора ТТИ сделала его фигуру в российской высшей школе еще заметнее. В 1903 году Министерство просвещения предполагало назначить Ефима Лукьяновича на должность директора Харьковского технологического института, но профессор не мог оставить свое детище – Томский технологический.