20 октября 1907 года в институте произошло чрезвычайное происшествие: группой революционно настроенных молодых людей была произведена попытка грабежа институтской кассы и убийство бухгалтера института Д.Н. Соковнина. Это событие было осуждено большинством студентов. Вследствие установленного факта участия в нападении нескольких студентов института, 1 ноября 1907 г. Е.Л. Зубашев сложил с себя обязанности директора. Но согласно прошению, был оставлен ординарным профессором на своей кафедре.

В институт в январе 1908 года с ревизией был направлен тайный советник Министерства просвещения Спешников. Инспектором были представлены Совету института ряд нарушений внутреннего порядка, такие как отмена свидетельств о политической благонадежности, процентная норма поступления в вуз евреев, допущение лиц женского пола, что Советом ТТИ 7 марта единогласно выражено сочувствие удаленному от службы директору С-Петербургского политехнического института князю Гагарину, что в институте имеют место сходки студентов и т. д. Все это ставилось в вину бывшему директору. Совет института встал на защиту Е.Л Зубашева.

Томский губернатор и попечитель Лаврентьев требовали окончательного увольнения Е.Л. Зубашева. Спешников же настаивал на переводе его в какой-нибудь другой институт. Нервное переживание всего тогда происходившего привело к заболеванию Ефима Лукьяновича. В марте 1908 г. он перенес тяжелое воспаление зрительных нервов обоих глаз, в результате чего наступила атрофия зрительного нерва правого глаза и помутнение центральной части сетчатки левого. Врачи установили нарушение работы сердца.

Уход Ефима Лукьяновича с должности директора всем коллективом института был воспринят сочувственно. В декабре 1907 года Совет института принял решение об избрании бывшего директора почетным членом ТТИ. В ходатайстве Совета института перед Министерством деятельности Е.Л. Зубашева была дана высокая оценка как организатору ТТИ, строителю, реформатору высшей школы, общественному лицу. Ответа из Министерства не последовало.

21 апреля 1908 года тяжело больной Ефим Лукьянович вместе с женой, исхлопотав отпуск с сохранением содержания по 1 сентября, выехал на лечение сначала в Харьков, потом на консилиум в Петербург, а затем – за границу. В июне 1908 г. он был освобожден и от обязанностей председателя Строительного комитета ТТИ.

Однако состояние здоровья не позволило ему продолжить работу в институте. Согласно прошению 6 июня 1909 года Ефим Лукьянович был уволен со службы по болезни. Распоряжением Министерства ему была назначена пенсия в размере профессорского оклада. Е.Л. Зубашев, вернувшись в Томск, после лечения активно занимается общественной деятельностью. В 1912 г. Ефим Лукьянович с семьей выехал в Санкт-Петербург, где одновременно вел преподавательскую работу, состоя профессором технологического и сельскохозяйственного институтов.