В конце XIX–начале XX столетия в высших учебных заведениях начались массовые волнения, основной причиной которых было недовольство принятыми в 1899 г. Временными правилами. Ефим Лукьянович лояльно относился к бастовавшим студентам, считая их выступления результатом отражения общей политической обстановки в стране. «Я состоял директором в то самое время, когда занятия во всех высших учебных заведениях постоянно нарушались студенческими волнениями, и в Томском технологическом не более чем в других. Никакие репрессивные меры не приводили к успокоению. Я, со своей стороны, не сторонник репрессивных мер, прилагал все усилия к успокоению волнующейся молодежи, боролся против закрытия института, против обструкции, но если достигал небольших результатов, чем в других учебных заведениях, то только потому, что причиной волнений была не внутренняя жизнь института, а полный разлад, царивший в русской жизни».

Студенческие волнения прекратились из-за наступления летних каникул. В августе 1901 года вуз пополнился набором на горное отделение, а в августе 1902 года - на инженерно-строительное. В 1903–1904 гг. Томский технологический институт был отмечен первой наградой: получил II место на третьем съезде деятелей по профессиональному образованию за представленные чертежи студентов.

С началом 1901-1902 учебного года волнения возобновились. Причина – новые Временные правила, утвержденные в 1901 г. Подъем студенческих волнений пришелся на 1903 г. Протесты имели уже не только академический, но и политический характер. Директор Е.Л. Зубашев и Совет института принимали усилия в приостановке беспорядков, одновременно выражали протест против насильственной расправы над студентами со стороны полиции.

Несмотря на тяжелую обстановку, директору Зубашеву удавалось силой своего авторитета продолжить работу вуза. В 1903 году завершилось строительство химического корпуса, а в 1904 г. – механического. Профессор В.А. Обручев, помимо обязанностей декана горного отделения, занимался строительством горного корпуса и жилого флигеля. Организована была работа по изданию лекций, учебников и пособий. Число студентов возросло от 203 в 1900 до 800 в 1904 году.

Совет ТТИ на заседании 22 января 1904 года избрал первым почетным членом ТТИ уроженца Сибири, знаменитого русского ученого, управляющего Палатой мер и весов, тайного советника Дмитрия Ивановича Менделеева в связи с его семидесятилетием.

Несмотря на сложную ситуацию в стране, ряду преподавателей были предоставлены годовые и более заграничные командировки. Многие студенты проходили летнюю практику на производствах. Но начавшаяся в январе 1904 года русско-японская война привела российское государство в полное расстройство. По признанию попечителя учебного округа Лаврентьева, студенчество Томска в большинстве своем к его «великому прискорбию» к войне относилось отрицательно.

В Томске 18 января 1905 года студенты организовали демонстрацию против расстрела в Петербурге мирного шествия, не избежав столкновения с полицией. 29 января 1905 года профессорско-преподавательский состав ТТИ в письменном виде выразил протест против зверской расправы полиции с участниками демонстрации.

Ефим Лукьянович Зубашев, будучи законопослушным человеком, как ученый все больше приходил к пониманию необходимости прогрессивного пути развития России – путем реформ государственного устройства. Эту мысль он высказал на Совете института, где обсуждался вопрос о причинах студенческих волнений 18 января: «Причины беспорядков вне стен учебного заведения: они отражение общественного недовольства существующим режимом».

Он всегда был близок к студентам и пользовался в их среде большим влиянием и принимал все меры к прекращению беспорядков, но убедился, что «...никакие меры не могут гарантировать правильное и спокойное течение академической науки, пока вне учебных заведений не будет установлен такой правовой порядок, который гарантировал бы свободу личности, неприкосновенности жилища, свободу слова и печати, свободу союзов и собраний и полную академическую свободу высших учебных заведений».

Массовые выступления студентов вузов против Временных правил и единодушного высказывания профессоров университетов за отмену университетского устава 1884 года вынуждали правительство идти на уступки. В августе 1905 года последовал Указ об автономии университетов.

Советом института в сентябре 1905 года, вследствие предоставления высшим учебным заведениям автономии, директором ТТИ вновь был избран Е.Л. Зубашев и «Высочайшим приказом по гражданскому ведомству от 11 ноября 1905 года за № 84». Ефим Лукьянович состоял в этой должности по ноябрь 1907 года.

Однако забастовки продолжались по всей стране. 26 декабря 1905 года из Министерства народного просвещения попечителю Западно-Сибирского учебного округа была отправлена телеграмма о запрещении всяческих сходок в Томском технологическом институте, а также вступлению в какие-либо партии руководителей учреждений. Полиция и жандармы оцепили Томский технологический институт, который был закрыт для занятий.

В период первой революции представители высшего слоя общества, разделившись на сторонников абсолютной и парламентской монархии, сформировали партии монархистов и кадетов. Е.Л. Зубашев по своим политическим взглядам был кадетом. Партия кадетов по своему составу была больше интеллигентной, «профессорской», либеральной.

В условиях возросшего общественного движения студенчество Томска не осталось в стороне от общероссийских событий. Всю первую половину 1906 года ТТИ был закрыт для занятий. Студенческие сходки, собрания продолжались. На директора Е.Л. Зубашева попечитель учебного округа Лаврентьев пишет в Министерство и губернатору многочисленные доносы, обвиняя его в попустительстве студенческим беспорядкам и поддержке оппозиционно настроенных профессоров и преподавателей института.

При Министерстве народного просвещения были созданы комиссии по реформе Устава высших специальных учебных заведений, для работы в которых 10 февраля 1906 года был приглашен в Петербург Е.Л. Зубашев и несколько профессоров. 11 февраля Е.Л. Зубашев и Н.М. Кижнер получили от томского временного генерал-губернатора Герарди предписание постановлением №682 от 10 февраля 1906 года о высылке их из Томска: «...в течение 48 часов выехать за пределы Степного генерал-губернаторства». Совет института тотчас же начал хлопотать об отмене этого распоряжения.

В то время как местные власти стремились избавиться от неугодного им директора, Е.Л. Зубашеву была предложена кафедра в С-Петербургском технологическом институте, но он не согласился покинуть институт и, несмотря на свое тяжелое положение, продолжил работу в Комиссии. Е.Л. Зубашев смог вернуться в Томск и приступить к своим обязанностям директора только в январе 1907 года после частного письма к губернатору Нольке «закатившегося политического светила» С.Ю. Витте.

Тем не менее, Совет института с разрешения Министерства постановил открыть институт для записи студентов на лекции, одновременно продолжая настойчиво требовать возвращения директора и всех уволенных и высланных преподавателей. Кроме того, в 1906–1907 гг. Совет института постановил принимать женщин в институт на правах вольнослушательниц. Были отменены и свидетельства о политической благонадежности, которые обязаны были предъявлять желающие учиться в ТТИ. По настоянию студентов курсовая система была заменена на предметную.

Студенту предоставлялся выбор занятий по своему усмотрению, но с соблюдением обязательного списка предметов, графиков порядка прохождения этих предметов и сдачи экзаменов, установленных отделениями. Допуск к сдаче экзаменов обусловлен был рядом обязательств, гарантировавших выполнения работ по основополагающим предметам инженерного образования. Институт инспекторов был упразднен, а инспектору студентов были поручены обязанности делопроизводителя канцелярии по студенческим делам. Внесены и другие изменения.

По настоянию директора, к осени 1906 года институт был открыт. Занятия начались в сентябре. Многие студенты из-за участия в волнениях и сходках были исключены из института или вынуждены сами покинуть его.

Несмотря на многочисленные увольнения студентов и периодические закрытия вуза для занятий, общее число студентов и посторонних слушателей на 1 января 1906 г. составило 1196 человек, а на начало 1907 года – 1440 человек.

Институт в феврале 1907 года вновь был закрыт из-за студенческих сходок. Но закрытие вуза для занятий было кратковременно. Революция 1905–1907 гг., можно сказать, завершилась. Совет института позволял «выпускать пар» наиболее активным студентам, закрывая вуз на несколько дней, и занятия продолжались, потому что основная масса студентов устала от беспорядков и хотела учиться. В такую неспокойную обстановку возвратился Е.Л. Зубашев.

Кадеты (конституционно-демократическая партия, или «партия народной свободы») – одна из основных политических партий в России в 1905–1917 годах. Программа партии:

• конституционно-парламентская монархия;
• демократические свободы;
• принудительное отчуждение помещичьих земель за выкуп;
• занонодательное решение «рабочего вопроса».