В 1883 году Ефим Лукьянович Зубашев окончил физико-математическое отделение Харьковского университета со степенью кандидата физико-химических наук, а в 1886 г. – химическое отделение Санкт-Петербургского технологического института с присвоением звания инженера-технолога. Ученик Д.И. Менделеева, в институте он специализировался по химической технологии пищевых продуктов. После окончания института с 1 июля 1886 года по 31 декабря 1887 года работал химиком на Харьковском сахарно-рафинадном заводе.

Но ограничиться одной производственной деятельностью он не мог. Его тянуло к научной работе. 5 декабря 1887 г. по представлению Министерства просвещения Ефима Лукьяновича направили в заграничную командировку для получения ученой степени, чтобы в дальнейшем он мог преподавать на кафедре в Харьковском технологическом институте.

Он учился в берлинских лабораториях сахарному делу у профессора Герцфельда, технологии брожения у профессора Дельбрюка, в Копенгагене – в лаборатории доктора Ергенсена работал над исследованием чистой культуры дрожжей.

По возвращении из командировки в январе 1889 года Зубашев был назначен адъюнкт-профессором Харьковского технологического института на кафедру химической технологии. Одновременно он становится вице-директором сахарно-рафинадного завода. В 1890 году Ефим Лукьянович получил профессорскую должность и заведование кафедрой «Химическая технология питательных веществ». С 1 октября 1891 г. назначается секретарем Учебного комитета института, который возглавлял крупный ученый В.Л. Кирипичев. Под его руководством Зубашев прошел большую школу организации управления вузом. В этот период он участвовал в работе VII и IX съездов русских естествоиспытателей и врачей (1889 г., 1894 г.), съезде руководителей винокуренных предприятий и спиртопромышленников (1892 г.), где выступал с докладами по результатам своих научных исследований.

Ефим Лукьянович продолжал поддерживать контакты с зарубежными учеными и в 1895 году вновь посетил научные лаборатории в различных городах Германии, Щвейцарии, Франции. По результатам стажировки Е.Л. Зубашев в актовом зале Харьковского технологического института блестяще прочитал публичную лекцию «Успехи техники брожения в последние десять лет».

После открытия в институте винокуренной и сахарной лабораторий Е.Л. Зубашев оставил службу на заводе, но продолжал сотрудничать с промышленными предприятиями в качестве эксперта. В это время им был разработан ряд проектов строительства свеклосахарного завода, спиртоочистительного ректификационного завода и др. Летом 1896 г. он участвовал в качестве эксперта по отделу фабрично-заводской промышленности и машиностроения на Всероссийской выставке в Нижнем Новгороде, принимал участие в комиссиях по проверке загрязнения рек сточными заводскими водами. Позже, работая в Сибири, профессор Зубашев много сделает для развития винокуренного дела, кустарных промыслов, а также развития сахарного производства на Алтае.

Его энергии можно было только позавидовать. При всей занятости Ефим Лукьянович всегда находился в гуще общественной жизни Харькова: состоял секретарем Харьковского отделения русского технического общества и редактором «Записок» отделения, являлся одним из инициаторов учреждения Южно-русского общества технологов, где был избран товарищем (зам.) председателя. Принимал деятельное участие в правлении Харьковской общественной библиотеки и в Харьковском обществе грамотности, возглавлял попечительский совет Декоративно-художественной школы имени Бородаевского.

Дела шли успешно. Ефим Лукьянович был утвержден в чине статского советника, 26 декабря 1891 года за отличную службу и особые труды был пожалован орденом Св. Анны III степени. 1 января 1899 года высочайшим приказом по гражданскому ведомству награжден за отличную и усердную службу и особые труды орденом Св. Станислава II степени.

Заканчивался XIX век. На переломе двух эпох круто изменилась жизнь статского советника Ефима Лукьяновича Зубашева. В конце января 1899 года профессор, оставив успешную работу, благодатный край, осваивает новое трудное дело в суровой Сибири. В жизни Е.Л. Зубашева и его семьи начинается новый период – Томский.

Высочайшим приказом по гражданскому ведомству от 24 января 1899 года за № 5 он назначен временно, впредь до утверждения Положения и штата Томского технологического института, директором института.