26 октября 1917 года Временное правительство было арестовано. Декретом Совета Народных Комиссаров от 14 декабря 1917 года Государственный Совет был упразднен вместе с Государственной канцелярией. Деятельность Ефима Лукьяновича как члена Госсовета, соответственно, была прекращена.

В годы большевизма (с ноября 1918 года) Е.Л. Зубашев был приглашен занять должность заведующего отделом снабжения бумажных фабрик при Петроградском управлении национализированных фабрик (Правбум) и оставался в этой должности до октября 1920 года, когда возвратился к профессорской деятельности.

3 декабря 1921 года Ефим Лукьянович заполнил собственноручно «Опросный лист Петроградского губ. отдела народного образования» откуда следует, что проживал он по-прежнему адресу на Английском проспекте, основным занятием считает преподавательскую и научную деятельность по специальности «химическая технология».

Основное место работы: технологический и агрономический институты, где читает лекции и руководит лабораторными работами 12 часов. В графе 14 он сообщает, что в настоящее время пишет очерк о состоянии промышленности Сибири для Комитета районного описания России.

Ефим Лукьянович вошел в состав Правления объединенного совета научных учреждений Петрограда – организации, которая вплоть до 1922 года, по словам профессора Н.С. Тимашева, «несла на себе тяжелую обязанность представительства петроградской науки перед большевистской властью». Вот что, уже находясь в эмиграции, писал о Е.Л. Зубашеве Н.С. Тимашев: «Наша совместная работа была непродолжительной, так как Ефим Лукьянович вступил в совет всего за несколько месяцев до того как мне пришлось бежать из России. Но за эти месяцы я проникся глубоким уважением к Ефиму Лукьяновичу. Редкой житейской мудростью веяло от каждого его выступления. Он отлично разбирался в обстановке, хорошо знал врага, знал и наши силы, понимал, в чем наша слабость».

В феврале 1922 года Зубашев по предложению профессионального союза писчебумажников вступил членом правления Петробумтреста. На него было возложено заведование всем коммерческим отделом треста. Эту должность он занимал до августа 1922 года, пока не отказался от нее вследствие изменения состава правления, несмотря на предложения нового председателя не только оставаться на занимаемом месте, но и принять звания товарища и заместителя председателя треста. Возможно, этот отказ Е.Л. Зубашева и послужил поводом для внесения его в список «неугодных» Советской власти и его ареста.

Высылка инакомыслящих граждан СССР за рубеж была одной из форм борьбы большевиков за укрепление своей власти. В опубликованных списках «антисоветской интеллигенции» Петроградского губотдела под № 3 значится фамилия Зубашева с инициалами С.Л., где в имени Ефима Лукьяновича допущена ошибка.

В ночь с 16-го на 17-е августа Е.Л. Зубашева арестовали. Ефиму Лукьяновичу было предъявлено обвинение: «Не примирился с Советской властью и все время вел контрреволюционную работу, особенно усилившуюся в трудные для Советской власти моменты». Никаких фактических данных, подтверждающих эти обвинения, предъявлено не было. На вопрос Е.Л. Зубашева: «На чем основаны эти обвинения?» производивший дознания молодой человек, назвавший себя Мудровым, заявил: «На это имеются факты, которые будут предъявлены тогда, когда власти найдут это нужным».

В защиту профессора встал коллектив С-Петербургского технологического института. Уже 17 августа в Петроградский отдел политического управления от имени ректора поступило ходатайство о скорейшем рассмотрении дела Е.Л. Зубашева и освобождении под поручительство его ректора Бартельса и членов Правления института.

Чуть раньше Петроградским технологическим институтом с ходатайством была отправлена телеграмма в Москву, Кремль, Народному комиссару внешней торговли Л.Б. Красину, бывшему ученику Е.Л. Зубашева. Как стало известно в настоящее время из дела в НКВД, на ходатайство Красина об освобождении профессора Дзержинский написал: «Отказать».

Несмотря на все усилия коллег, Е.Л. Зубашев решением Петроградского губернского отдела Государственного политического управления НКВД СССР от 10 ноября 1922 года был приговорен к высылке из России без права возвращения. С арестованных были взяты две подписки: обязательство не возвращаться в советскую Россию и выехать за границу за свой (при наличии собственных денег) или казенный счет. В подписи указывалось о предупреждении применения к ним ст. 7 Уголовного кодекса РСФСР, карающей за самовольное возвращение в пределы РСФСР высшей мерой наказания (эта статья и ряд других карательных статей к Уголовному кодексу были внесены самим Лениным). При этом высылаемым запрещалось брать с собой золотые вещи, драгоценные камни, за исключением венчальных колец, даже нательные кресты. Список личных вещей был ограничен до минимума. Ефим Лукьянович Зубашев попал в число лиц, высланных за границу под конвоем за счет ГПУ. Ему предстояло плыть в Германию вторым рейсом.

14 ноября 1922 года с утра на пристани Васильевского острова органы ГПУ начали посадку высланных на пароход «Прейссен» (Пруссия), на который был определен и профессор Е.Л. Зубашев. В тетрадке одной из пассажирок этого парохода А.А. Евреиновой он сделал запись: «В огромном большинстве случаев изгнанниками бывают или преступники, или герои. По отношению ко мне ни то, ни другое неприложимо: преступления я не совершал, но и геройства ни в чем не проявил. Моя высылка есть плод недоразумения, а может быть, что и более вероятно, необходимая дань демагогии современной власти. В первую революцию (1906) я был выслан из Томска за пределы Томской губернии и Степного Генерал-губернаторства в Европейскую Россию как революционер. Теперь меня изгоняют далее на Запад из пределов России как контрреволюционера. И в том, и в другом случае я украшен чужими перьями. Проф. Ефим Лукьянович Зубашев».

В Петербурге у Ефима Лукьяновича Зубашева остались могила только что умершей жены Ольги Александровны, дорогие сердцу родные дочери и их семьи, Трагична была и их судьба. Ефим Лукьянович больше уже ни с кем из своих близких никогда не увиделся. 18 августа 1922 года пароход «Прейссен» прибыл в Германию.