До 29 января 1923 года Ефим Лукьянович находился в Берлине, который стал временным пристанищем для огромного числа высланной и бежавшей добровольно из России творческой русской интеллигенции. Оказавшиеся в большинстве своем без средств к существованию, многие испытывали большие трудности. Профессору Зубашеву, можно сказать, повезло: ему удалось сразу найти работу в Берлине. Ефим Лукьянович был принят на должность профессора Русского научного института.

7 февраля 1923 года Ефим Лукьянович переезжает в Прагу, откуда до конца 1925 года продолжает ездить в Берлин для чтения лекций в Русский институт.

В Праге Ефим Лукьянович столкнулся с проблемами жилья и работы. Проживание в гостинице, где ему пришлось остановиться, оказалось не по средствам. В поисках приемлемых для него условий профессор 13 февраля 1923 года уехал в Брно, являвшийся университетским центром, был, так же, как и Прага, сосредоточением русской эмиграции, но вскоре он вернулся в Прагу и обосновался здесь на постоянное местожительство. Ефим Лукьянович поселился в общежитии для одиноких в Свободарне по адресу: Praha VIII – Liben, ныне: U svobodarny, 1110, где прожил с 1923 по 1927 гг.

Затем он перебрался в Збраслав (Zbraslav), который располагался вдоль главных железнодорожных направлений, что позволяло довольно быстро и дешево добираться до Праги и обратно. А цены за аренду квартиры были значительно ниже, чем в Праге.

Последний адрес в Праге, где жил профессор Зубашев, был: Bubenec, Buckova, 597, ныне это ул. Рузвельта, 27–29, так называемый «Профессорский дом». В настоящее время на этом доме висит мемориальная доска – свидетельство русской эмиграции в Праге. Вот ее текст: «Настоящий дом построен в 1924–1925 гг. чешско-русским строительным и квартирным Товариществом в Праге. Сие основали эмигранты из России, для которых после наступления коммунистического террора новой Родиной стала Чехия».

В Праге с 1925 года Ефим Лукьянович продолжал академическую деятельность: профессор Русского народного университета, он читал лекции в Институте изучения России, при котором был создан Сибирский отдел. В 1927 году он – профессор кафедры технологии органических веществ в Русском высшем училище техников путей сообщения. В Пражском политехникуме Е.Л. Зубашев читал лекции по химии и технологии писчебумажного и целлюлозного, а также древесно-лесного производств.

Находясь в вынужденной эмиграции, Ефим Лукьянович остро чувствовал свою оторванность от Родины и с головой уходил в работу эмигрантских академических и общественных организаций. Он вошел в состав президиума Учебной коллегии, объединявшей деятельность русской профессуры по руководству занятиями русских студентов, принятых чешским правительством на иждивение. Работал в Комитете для создания условий принятия и обучения в вузах Чешской Республики русских студентов-эмигрантов. Комитет находился на ул. Лазаревской, 11.

Зубашев вошел в число 94 профессоров и научных работников, которым, как приглашенным в Прагу Чешским Правительством, выплачивалась помощь – «профессорский сбор» в 2000 крон в месяц. Эта акция помощи была организована в 1921 году по инициативе Министерства иностранных дел и под патронатом президента Масарика при Министерстве, где был создан отдел «Русская акция помощи». Из этого фонда также выплачивалось 100 стипендий русским студентам-эмигрантам.

Об огромном авторитете профессора Е.Л. Зубашева среди русской эмиграции свидетельствует его избрание сначала заместителем председателя Совета русских профессоров «Русская академическая группа», а затем в 1926 году – его председателем.

В Ефиме Лукьяновиче было много удивительного. Не сибиряк от рождения, он воспринял Сибирь как малую родину. И в эмиграции профессор Зубашев по-прежнему служил Сибири, много делал для ознакомления русской эмиграции и чешской общественности с экономическим положением Сибири, выступая с докладами и сообщениями в обществе русских инженеров и аудитории Русского народного университета. В 1925 году он сделал доклад «Опыты культуры сахарной свекловицы в Западной Сибири в 1916–1919 гг.» на первом съезде деятелей сельского хозяйства, проходившем в Праге.

В Сибири также вспоминали Е.Л. Зубашева с благодарностью. В 1925 году его родной Томский технологический отмечал свое 25-летие. Ефим Лукьянович отправил в институт приветственную телеграмму. Она была опубликована в юбилейном сборнике ТТИ. Вот ее текст: «Из Праги. В юбилейный день родного Института привет профессорам, сотрудникам и студентам. Зубашев».

Н.В.Гутовский, ректор Томского технологического института, переименованного в юбилейном году в Сибирский, в своем приветственном слове на юбилейном заседании дал высокую оценку роли Е.Л. Зубашева в создании вуза и значимости его деятельности для Сибири: «В такой исключительный день, как сегодня, мысль невольно обращается к прошлому, встают картины главных моментов истекшего времени, и в памяти воскресают фигуры главных действующих лиц, имена которых должны быть вписаны крупными буквами в историю развития и деятельности Томского института. Я имею в виду профессоров: А.Э. Сабека, В.А. Обручева, И.И. Бобарыкова, В.Н. Джонса, Н.М. Кижнера, А.М. Зайцева и М.Э. Янишевского, Н.И. Карташева, Т.И. Тихонова во главе с первым директором Института проф. Е.Л. Зубашевым. Ефим Лукьянович является одной из самых ярких фигур в истории Института. Он – его первый директор. Он построил и оборудовал Институт. Он вместе со своими ближайшими сотрудниками поставил в нем учебное дело. Ефиму Лукьяновичу, наконец, Сибирь обязана открытием в ней Высшей Школы политехнического типа, а не технологического, как это предусматривал первоначальный министерский проект».

Сибиряки в условиях эмиграции решили объединить свои усилия. Идея создания Общества сибиряков возникла во время поездки Ефима Лукьяновича в сентябре 1924 года в Словению. В Братиславе состоялась его встреча с И.А. Якушевым, одним из активных деятелей сибирского областничества, жившего в Братиславе с 1922 года. Понадобилось почти два года, чтобы осуществить эту идею.

13 февраля 1926 года в помещении Института изучения России состоялось организационное собрание инициативной группы по учреждению Общества сибиряков в ЧСР, в состав которой вошли Ольга Ивановна и Ефим Лукьянович Зубашевы. На этом собрании Е. Л. Зубашев был избран заместителем председателя Правления Общества.

Организация ставила задачу осведомления чешской общественности о нуждах, потребностях и состоянии Сибири и уяснения ее экономических возможностей, которые естественно вытекают из общих интересов всех славянских народов: «задача сближения с Чехословакией, которая станет естественным продолжением той взаимной братской связи, которая заложена и закреплена на широких просторах Сибири в 1918–1922 гг.».

Общество сибиряков организовало и свой печатный орган – «Вольная Сибирь» – под руководством главного редактора И.А. Якушева. Это был общественно-литературный и экономический сборник. С открытием «Вольной Сибири» Ефим Лукьянович не только принимает самое активное участие в подготовке сборников, но и сам пишет ряд исследовательских статей, воспоминаний:

• «Туркестан – Сибирская магистраль и другие проектируемые пути в Западной Сибири», 1927 г.
• «Фабрично-заводская и кустарная обрабатывающая промышленность Сибири», 1927 г.
• «Урало-Кузнецкая проблема», 1928 г.
• «Моя командировка в Сибирь (Воспоминания о Февральской революции»), 1927 г.
• «Г.Н. Потанин (Воспоминания)», 1927 г.
• «Сибирская промышленность в 1924–1927 гг.».

8 марта 1926 года Ефим Лукьянович в составе 130 человек из русской колонии был приглашен на прием к президенту Чехословацкой Республики Т.Г. Масарику.

Последние годы жизни Ефима Лукьяновича поддерживала его вторая жена Ольга Ивановна. Несмотря на возраст и слабое здоровье, Зубашев начинает работу над составлением книги о русских выдающихся изобретателях и техниках по предложению Сибирского отдела при Институте изучения России. Начал усердно собирать материалы и говорил, «...что это радостный долг – долг собирать наши культурные сокровища, которые должны составить славу и гордость России, которую недостаточно знают и сами русские, и тем более иностранцы». Но работа не была закончена. 20 декабря 1928 года в 8 часов 30 минут он скоропостижно скончался в своей квартире в «Профессорском доме». Е.Л. Зубашев похоронен на Ольшанском кладбище в Праге.