В 1990 году вуз по ходатайству сотрудника ТПИ И.Т. Лозовского получил справку о реабилитации Е.Л. Зубашева. Текст постановления прокуратуры г. Ленинграда следующий: «Заключение Петроградского губернского отдела Государственного политического управления НКВД СССР от 10 ноября 1922 года, на основании которого Зубашев Ефим Лукьянович, 1860 года рождения, уроженец Харьковской губернии, профессор Технологического и Агрономического институтов, был выслан за пределы СССР, постановлением прокуратуры города Ленинграда от 19 июня 1990 года отменено. ЗУБАШЕВ ЕФИМ ЛУКЬЯНОВИЧ реабилитирован. Постановление за № 13-878-90 от 19.06.90 г.».

В 1993 году в День города состоялось открытие мемориальной доски Е.Л. Зубашева, расположенной на главном корпусе ТПУ, бывшем лекционном. В кабинете ректора в 1990 г. создана галерея ректоров, которая начинается с портрета Е.Л. Зубашева. Его портрет занял почетное место в самом главном зале ТПУ – Актовом, где заседал Ученый совет университета.

В 1999 году к 100-летию со дня вступления Е.Л. Зубашева в должность первого директора института в Музее совместно с Госархивом Томской области была создана персональная выставка о Е.Л. Зубашеве, раскрывшая всю многогранность личности этого человека. В ТПУ прошла научно-методическая конференция, посвященная этой дате.

В 2000 году к 100-летию открытия ТПУ в Музее истории была создана новая стационарная экспозиция, доминантой которой стали два центральных комплекса, посвященных первому директору Е.Л. Зубашеву и ректору А.А. Воробьеву с 1934 по 1970 гг., деятельность которых определила известность и славу Томского политехнического университета.

Но не только Ефим Лукьянович Зубашев «вернулся в свой родной вуз», но и от Томского политехнического университета «пролегла тропа» к могиле профессора в Праге. В 1998 году усилиями сотрудника ТПУ И.Т. Лозовского было установлено, что сохранилась могила Е.Л. Зубашева на Ольшанском кладбище.

По поручению ректора Ю.П. Похолкова в 1997 году директором Музея была начата переписка с Посольством Республики Чехии с просьбой оказать содействие в установлении патронажа над могилой Е.Л. Зубашева и в поисках материалов о пражском периоде жизни профессора. Посольство оказало активную помощь в налаживании контактов со Славянской библиотекой Праги, где хранятся архивные фонды о русской эмиграции. Созданное при Чешском техническом университете представительство ТПУ взяло под надзор могилу профессора. Так имя первого директора ТПУ вновь послужило доброму делу – восстановлению сотрудничества ученых-политехников с чешскими коллегами.

По инициативе ректора Ю.П. Похолкова от имени Совета ТПУ на могиле Е.Л. Зубашева 14 октября 1998 года была установлена памятная доска с текстом:

Зубашев Ефим Лукьянович (1860–1928), доктор химических наук, профессор.
Внес значительный вклад в экономическое и культурное развитие Сибири.
Устроитель и первый директор Томского политехнического университета. Избран его Почетным членом с 1917 года. Политический эмигрант с 1922 года.

Тогда же состоялась первая поездка ректора ТПУ Ю.П. Похолкова в Прагу и посещение им могилы Е.Л. Зубашева. С могилы профессора была привезена в Томск горсть земли. 20 декабря 1998 года в 11 часов в Ччсовне Святой Домны Томской, расположенной на территории студгородка ТПУ, состоялась панихида по случаю 70-летия со дня кончины Ефима Лукьяновича Зубашева. Земля с могилы была положена в капсулу и навсегда оставлена в часовне, где на памятных досках увековечены имена и других выдающихся ученых г. Томска.