С.Ю. Витте, став министром финансов, начал укреплять восточные рубежи России. Необходимо было экономически связать слабозаселенные, неосвоенные территории Азии с европейским рынком страны сетью железных дорог. Накануне открытия Нижегородской выставки он вел активные переговоры с Китаем по урегулированию китайско-японских отношений, в результате чего был подписан выгодный для России договор, согласно которому предусматривалось прохождение строящейся Сибирской железной дороги через северную территорию Китая. К 1896 году железная дорога дошла до Новониколаевска, нынешнего Новосибирска.

Вместе с тем строительство Сибирской железной дороги высветило всю отсталость и дикость, крайне слабую заселенность этого края, острую нехватку в специалистах, необходимых для эксплуатации и развития самой железной дороги, а также освоения восточных окраин России и вовлечения их в европейский рынок. Министр финансов понимал, что переселение крестьян из европейской части не решит главную проблему – кадровую.

С.Ю. Витте предлагает идею основания в Сибири инженерного вуза, будущего Томского политехнического университета, и всячески способствует его открытию. В своем дневнике от 6 марта 1896 г. он сделает запись: «Сегодня я снял деньги с броненосца и отдал их на учреждение Томского технологического института». Также С.Ю. Витте создаст С.-Петербургский политехнический, которым особенно гордился, Варшавский и Киевский. И на этот раз он привлечет Д.И. Менделеева к разработке уставов, или, как тогда называли, положений этих вузов.

Влияние Витте и как министра финансов, и как члена Государственного Совета позволило в кратчайшие сроки начать учреждение первого сибирского инженерного вуза. Его идею также поддержали министр народного просвещения граф И.Д. Делянов и попечитель Западно-Сибирского учебного округа В.М. Флоринский, известный организацией Томского Императорского университета.

Для выработки решения относительно основания вуза для рассмотрения его Государственным Советом была создана Особая комиссия при Министерстве народного просвещения из ученых и ректоров С.-Петербургского университета, директоров С.-Петербургского и Харьковского технологических институтов под председательством члена Совета министров Н.А. Любимова, заслуженного профессора Московского университета, доктора физики. Так первый сибирский технический вуз, ныне Томский политехнический университет, создавали всем ученым миром. Но неожиданно против самостоятельного института высказался Д.И. Менделеев – природный сибиряк, прилагавший немало сил для развития родного края.

Д.И. Менделеев, много сделавший для открытия первого сибирского университета, считал, что при имеющемся Томском Императорском университете и серьезной проблеме с набором студентов в столь отдаленном от центра месте, институт не сможет обеспечить необходимого количества как обучающихся, так и профессорско-преподавательских кадров. А открытие в действующем университете отделений естественно-прикладного профиля решило бы все проблемы. В пользу института высказался еще один министр – министр земледелия А.С. Ермолов. Во всеподданнейшем докладе 1895 года по поводу своей поездки в Сибирь он писал: «...для поднятия техники в золотопромышленности в Сибири необходимо учреждение в г. Томске Высшего Горного училища».

Состоялось повторное рассмотрение этого вопроса Особой комиссией. Комиссия вновь пришла к заключению, что для подготовки необходимых Сибири образованных инженеров и химиков-технологов должен быть учрежден в Томске самостоятельный Технологический институт с двумя отделениями: инженерно-строительным и химико-техническим с усилением преподавания электротехники и металлургии.

14 марта 1896 года Государственный Совет постановил «учредить в Томске Практический Технологический институт, предоставив министру народного просвещения вновь внести на утверждение в установленном порядке предложения относительно особенностей устройства названного института, срока открытия и штата онаго».

29 апреля 1896 года решение Госсовета об учреждении в Томске института практических инженеров было Высочайше утверждено Императором Николаем II. Министерство народного просвещения в целях экономии средств решило не назначать директора института и поручить руководство строительными работами до их завершения попечителю Западно-Сибирского учебного округа, руководителю Строительного комитета В.М. Флоринскому.

28 мая 1896 года в Нижнем Новгороде министром финансов С.Ю. Витте была открыта Всероссийская промышленная и художественная выставка. Активное участие в ее организации принимал Д.И. Менделеев. Отделы выставки были весьма разнообразны: от рыбных промыслов и нефтедобывающей промышленности до демонстрации производства готового верхнего платья, ювелирных изделий, музыкальных инструментов, экипажного дела.

Профессор Харьковского технологического института, статский советник Ефим Лукьянович Зубашев, ученик Д.И. Менделеева, был привлечен на Нижегородскую выставку в качестве эксперта по отделам фабрично-заводской промышленности и машиностроения. Приглашение было отнюдь не случайным. Профессор был в то время признанным авторитетом как в ученом, так и в промышленном мире, в области технологии сахарного производства и теории брожения. За особые труды на выставке он был в числе других представлен к ордену Святой Анны II степени. Тогда в Нижнем Новгороде он и не предполагал, что активная политика министра финансов С.Ю. Витте на Дальнем Востоке и учрежденный по его инициативе в Сибири Томский практический технологический институт определят его дальнейшую судьбу.

6 июля 1896 года, в день годовщины посещения города Томска бывшим цесаревичем, ставшим Императором Николаем II, в атмосфере всеобщего ликования состоялась торжественная закладка первенца сибирского инженерного образования.

Все-таки скоропалительность, с какой принялись создавать первый в Сибири технологический институт, сказалась: в 1896–1897 годах сумели только огородить стройплощадку, положить фундамент и подвезти материалы. Дело приостановилось: не был готов еще проект здания. Отсутствие плана отопления помешало возведению корпуса в 1898 году. Главный корпус едва-едва робко возвысился над землей. В.М. Флоринский, отдавший все свои силы на постройку Томского Императорского университета, намеревался уйти в отставку с поста попечителя учебного округа. И в августе 1898 года уехал из Томска в С.-Петербург, где вскоре заболел и скончался. На этом работы были приостановлены.

Дело двинулось, когда Высочайшим приказом по гражданскому ведомству от 24 января 1899 года за № 5 временно, впредь до утверждения Положения и штата Томского технологического института, директором был назначен 38-летний профессор Харьковского университета Ефим Лукьянович Зубашев.