Е.Л. Зубашев, как и в Харькове, активно включился в общественную жизнь Томска. В ноябре 1905 г. он вошел в состав комитета Томского отделения партии конституционных демократов (кадетов), а в декабре был избран гласным (депутатом) городской Думы сроком на 4 года.

Он много сделал для Томска и губернии, будучи гласным в городской Думе, работая в разных комиссиях. Им был разработан проект развития школьной сети и школьного строительства в Томске, план городских сооружений: канализации, трамвая, школ, ломбарда, мостов и крытого рынка. Из всех намеченных сооружений были построены: пять школьных зданий, здание ломбарда и мост через реку Ушайку.

В 1910 г. профессор Зубашев вошел в состав гласных Томской городской Думы и закрытым голосованием избран городским головой на предстоящее четырехлетие. Однако кандидатура его не получила утверждения в Министерстве внутренних дел.

Он вместе с группой профессоров и общественных деятелей Томска создал в 1906 году Сибирское товарищество печатного дела и возглавлял его правление до 1918 г. Сибирское товарищество содержало одну из крупнейших типографий города и издавало газету «Сибирская жизнь».

14 декабря 1905 года его избрали членом Попечительского совета женской гимназии Миркович.

Он возглавлял Томское отделение Русского музыкального общества и много сделал по распространению музыкальной культуры и музыкального образования в Томске. Его супруга Ольга Александровна играла на фортепьяно и принимала участие в различных благотворительных концертах и других общественных мероприятиях.

Ольга Зубашева занимала особое место в Томске. Именно она подала в 1901 г. ректору Томского университета петицию о допущении женщин в университет, подписанную тремя сотнями томичек. Вместе со своим мужем, его коллегами и их женами Ольга Александровна называлась в числе инициаторов открытия в Томске высших женских курсов. В сентябре 1909 г. она совместно с профессорами-юристами И.Малиновским и М.Рыбалкиным составила Устав общества по доставлению средств Сибирским высшим женским курсам и вошла в совет этого общества. Председателем его избрали жену тогдашнего томского губернатора Маргариту Гондатти, а когда та вслед за супругом покинула Томск, совет возглавил Ефим Лукьянович. Главной его помощницей была, разумеется, Ольга Александровна. Женские курсы действовали до 2 июня 1920 года и позволили получить высшее образование многим сибирячкам.

Отзывчивая и общительная, Ольга Зубашева участвовала едва ли не во всех благотворительных акциях в пользу студенчества – концертах, сборах. В 1904-1906 гг. во время Русско-Японской войны она входила в Дамский комитет по оказанию помощи семьям призванных на войну из города Томска и его уезда, а незадолго до этого участвовала в организации столовых для детей из семей, пострадавших от неурожая…

Газета «Сибирская жизнь» № 1 (январь) за 1902 год сообщала список лиц, сделавших пожертвования в пользу детских приютов взамен рождественских и новогодних визитов. В списке значились: Е.В. Боголюбский, С.А. Жбиковский, Е.Л. Зубашев, Н.М. Кижнер, Н.А. Молчанов, Н.И. Менделеев (брат Д.И. Менделеева). Первый директор собственноручно собирал пожертвования для нуждавшихся студентов и сам неоднократно оказывал им денежную помощь.

При его активном участии в 1909 году было создано Общество сибирских инженеров, имевшее свой печатный орган. Журнал знакомил сибирских промышленников с новинками в области технологий и оборудования для различных отраслей промышленности.

На заседании городской Думы 7 января 1910 года Ефим Лукьянович Зубашев был избран членом Особого комитета для выработки плана и сметы проектируемого здания Народного университета в Томске и затем для наблюдения за его постройкой. Это здание сегодня известно, как Дом науки.

По приглашению Главного управления землеустройства и земледелия Ефим Лукьянович занял в 1911 году должность управляющего делами во вновь создававшемся Томском губернском кустарном комитете. За время его правления по 31 декабря 1912 года комитетом было открыто в Томской губернии 6 учебно-показательных кустарных мастерских: ткацкая, гончарная, тележная и т. д. Им были разработаны планы еще 5 мастерских, открытых уже без него в 1913 году.

Трудно перечислить все, что сделал Ефим Лукьянович Зубашев для Томска и Сибири в этот короткий томский период. Одно несомненно: сибирская общественность его чтила особо. 25 октября 1912 года на съезде представителей биржевых комитетов Ефим Лукьянович был избран от Барнаульского биржевого комитета членом Государственного Совета.