Зубашев был тепло встречен в Томском технологическом институте. Совет института единогласно избрал его Почетным членом института. И ныне висит портрет Ефима Лукьяновича в музее родного ему вуза в галерее Почетных членов, рядом с портретом его учителя – Д.И. Менделеева.

В Томске Е.Л. Зубашева с супругой встретили члены Комитета общественной безопасности во главе с председателем Б.М. Ганом, а также представители городской Думы. Окруженные эскортом конной милиции под командованием большевика А.Ф. Иванова, они двинулись в гостиницу «Европа».

От Б.М. Гана Е.Л. Зубашев узнал, что, как только весть о происшедшем в Петрограде перевороте достигла Томска, здесь образовался Комитет общественной безопасности, в состав которого вошли представители городской Думы и всех общественных организаций. Число членов комитета ко времени его приезда достигло 70. Губернатор Дудинский без всякого сопротивления сдал свою власть и был арестован. Распорядительное бюро комитета состояло из 10 человек. Заместителем председателя был избран представитель от ТТИ, профессор Н.В. Гутовский.

По просьбе Ефима Лукьяновича были приглашены в бывший губернаторский дом представители правительственных учреждений, городского самоуправления. В отсутствии Б.М. Гана Е.Л. Зубашева посетил городской голова Ломовицкий и члены управы. Они жаловались на самочинные действия Распорядительного бюро комитета. Зубашев обещал разобраться в этом деле. В своих воспоминаниях об этом посещении Томска он подробно описал атмосферу города того времени: «К 12 часам я отправился пешком на собрание по Почтамтской. Улица была переполнена шатающейся публикой, более чем наполовину состоящей из солдат. Улица была буквально заплевана шелухой от семечек. В Томске формировались для отправки на фронт новые батальоны, вследствие чего в городе скопилось около 70 000 солдат. К тому же на окраине города был устроен концентрационный лагерь для военнопленных. Город, едва насчитывавший сто тысяч населения, приобрел вид военного лагеря».

Перед собравшимися Зубашев обрисовал ситуацию в Петербурге и заявил, что командирован главою Временного правительства в Томск и Красноярск для выяснения желательных для местной общественности кандидатов на посты Томского и Енисейского правительственных комиссаров, каковые и будут назначены Временным правительством, вместо отстраненных губернаторов. По окончании сообщения выступил попечитель учебного округа Тихомиров и высказался за необходимость не только подчинения Временному правительству, но и полной солидарности с ним.

В тот же день Ефим Лукьянович посетил офицерское собрание и передал пожелания военного министра Гучкова – «воевать до победного конца». При этом Зубашев отметил, что настроение офицеров под влиянием присутствовавших в большом количестве солдатских депутатов было подавленным. Состоялось выступление Е.Л. Зубашева и в Совете солдатских депутатов.

После окончания собеседований Е.Л. Зубашев ознакомился с членами Распорядительного бюро комитета. Вот что он пишет по этому поводу: «При первом же знакомстве с членами бюро я получил ясное представление о значении отдельных его членов. По правую руку от Гана сидели три социал-революционера, а по левую – три большевика. Сам Ган хотел себя видеть независимым беспартийным деятелем, но это ему плохо удавалось».

В Правительство на имя председателя Совета министров и министра внутренних дел Львова Е.Л. Зубашев отправил телеграмму с указанием на невозможность отмены назначенных выборов и просьбу немедленно прислать новое положение или же согласие на производство выборов в том виде, как они предположены местным комитетом. Однако ответа от правительства не последовало.

Ефим Лукьянович, сделав все возможное по поручению Правительства в Томске, уехал в Красноярск. В Красноярске Е.Л. Зубашев был встречен председателем местного комитета В.М. Крутовским и его членами. Остановились супруги у своих друзей по Томскому технологическому институту, инженера С.А. Жбиковского, состоявшего начальником Обь-Енисейского участка Томского округа Путей сообщения. Станислав Антонович, выпускник С-Петербургского института инженеров путей сообщения, работал в ТТИ по приглашению Е.Л. Зубашева с 1900 по 1903 годы нештатным руководителем практических занятий по механике. В 1903 году он переехал на жительство в Красноярск и руководил Обь-Енисейским каналом.

В Красноярске Е.Л. Зубашеву удалось выполнить поручение Временного правительства и провести процедуру избрания Правительственного комиссара. На обратном пути из Красноярска Ефим Лукьянович вновь остановился в Томске. Было начало мая. Выборы в Томские губернские и уездное народные собрания закончились. На открывшихся губернских и уездных народных собраниях Е.Л. Зубашев вновь пытается убедить общественность Томска в необходимости выборов Правительственного комиссара.

В Губернском собрании, собравшем свыше 900 делегатов и проходившем в университетском актовом зале, профессор столкнулся с мощным сопротивлением со стороны представителя Советов солдатских депутатов большевика Н.Н. Яковлева, под чьим сильным влиянием был Б.М. Ган.

Яковлев сказал, что он удивлен, что Временное правительство командировало в Томск, хотя и известного в Томске общественного деятеля Зубашева, но все-таки представителя буржуазии. И решительно заявил: «Никакого Правительственного комиссара нам не нужно, мы сами сумеем управлять своими делами, мы просим г-на Зубашева уехать из Томска. Он сюда приехал с полномочиями прежнего буржуазного правительства, а не настоящего, в которое вошли также и социалисты (Правительство 2 мая – примечание Зубашева)».

Ефим Лукьянович в своих выступлениях пытался предостеречь местных лидеров от попытки самоизолироваться от центральной власти, что было бы пагубно в той политической ситуации для Томской губернии. Е.Л. Зубашева поддержали председатель уездного собрания Михайловский и еще ряд делегатов. Они стали требовать пересмотра этого вопроса на губернском собрании. На второй или третий день этот вопрос был поставлен на обсуждение и было принято решение выбрать кандидата на должность комиссара, но выборы отложить к окончанию съезда. Об этом решении собрания Зубашев был проинформирован, так как лично присутствовать на собрании он счел для себя невозможным.

Ефим Лукьянович доложил Временному правительству, что до выборов кандидата на должность комиссара во главе Губернского правления находится И.В. Вологодский и что считает свою миссию законченной и выезжает в Петроград. Как он вспоминал позднее, «провожали его не так торжественно, как встречали. На вокзал приехали П.И. Макушин и несколько профессоров Технологического института». Так закончилась вторая встреча Е.Л. Зубашева с Томском. Когда он приехал в Петербург, в Министерстве уже была телеграмма с сообщением, что кандидатом на пост комиссара по Томской губернии избран Б.М. Ган.