Не хотелось верить в то, что А.А. Воробьев в расцвете творческих сил и таланта добровольно покинет пост ректора ТПИ, в развитие которого он вложил свою душу и сердце и своим неустанным, самоотверженным трудом преобразил его из рядового, провинциального – в передовой, входящий по рейтинговой системе Минвуза РСФСР в первую тройку политехнических вузов России.

Как сильная личность Воробьев имел сложный характер, что приводило к конфликтам, в которых он не хотел уступать. Особенно это проявилось в отношениях с первым секретарем Томского обкома КПСС Е.К. Лигачевым. Их позиции по выбору путей ускоренного развития науки резко разошлись, отношения между ними стали напряженными. Известна фраза Воробьева: «Секретари приходят и уходят, а мы – ректоры - остаемся». На неоднократные настойчивые предложения обкома КПСС подать заявление об освобождении от должности ректора Воробьев отвечал отказом и после длительного «противостояния» был в сентябре 1970 года освобожден от должности с необычной формулировкой «согласно устному заявлению».

Большим импульсом к развитию противостояния явилось создание Сибирского отделения Академии наук СССР. Александр Акимович, как коренной сибиряк, патриот сибирской вузовской науки, воспринял это с большой осторожностью. По его мнению, ученые, приехавшие открывать Сибирское отделение, считали себя «колумбами», открывшими Сибирь для науки, которой до их приезда будто бы там и не было. Это очень раздражало его. Ему было обидно, что многие выдающиеся ученые Томска – физики, геологи, химики и другие - уехали в Новосибирск.

Отношения Александра Акимовича с председателем СО АН СССР академиком М.А. Лаврентьевым не сложились. Может быть, по этой причине заслуги А.А. Воробьева не были отмечены академическими званиями, хотя до создания Сибирского отделения не было в Сибири человека, равного Александру Акимовичу по размаху деятельности, по широте работ, по научной эрудиции.

А.А. Воробьев был незаурядным ученым с блестящим научным предвидением. Молодежь уважала его. Сейчас очевиден факт вредных последствий отделения науки от вузов и студенческой молодежи. Я теперь убежден в том, что наиболее целесообразной схемой развития высшего образования является та, которая предоставляет возможность объединить учебный процесс и научные исследования, как предлагал А.А.Воробьев.

Владимир Александрович Кочегуров, ученик А.А.Воробьева, заслуженный профессор ТПУ, зам. директора по научной работе НИИ ЯФ с 1967 по 1970 гг.

Последней каплей, наполнившей чашу противостояния, явились итоги работы Высокой комиссии (академики М.В. Келдыш, В.А. Кириллин, М.А. Лаврентьев), приглашенной Е.К. Лигачевым в 1968 году для выработки путей ускорения развития томской науки. Остается только гадать: как развивались бы дальнейшие события, если бы Александр Акимович, в соответствии с решением, принятым Высокой комиссией, согласился возглавить создание в Томске Институтов Сибирского отделения Академии наук. Но Александр Акимович, не препятствуя созданию Томского филиала СО АН СССР, считал, что Томск нужно развивать, в основном, как вузовский научный центр. И это решило его участь.

Много разных разговоров ходило по всем подразделениям института, по другим вузам города, по Томску и за его пределами об увольнении одного из лучших ректоров в системе Высшей школы – лидера вузовской науки и образования. При этом преобладающим было мнение, что от противостояния понесли ощутимые потери та и другая стороны, что было бы более благоразумным, отбросив амбиции и не прибегая к крайним мерам, найти компромиссное решение.

Как вспоминает Е.К. Завадовская, он сильно переживал по поводу своего увольнения, коря себя за промахи, обижаясь на несправедливое к себе отношение. Со свойственной ему решимостью и работоспособностью Воробьев целиком включился в научные исследования во главе коллектива лаборатории электроники диэлектриков и полупроводников, научным руководителем которой продолжал оставаться.

Помимо исследований, Александр Акимович, как и прежде, активно писал научные монографии, участвовал в научных конференциях, в заседаниях Ученых советов по защитам диссертаций, на научных семинарах и др. Продолжал встречаться со своими коллегами и учениками по разным служебным и неслужебным вопросам. Любил традиционные прогулки по двору между физическим и химическим корпусами, при этом его собеседниками, как правило, были соседи по двору или коллеги, уловившие подходящий момент для разговора.