В Томске в годы войны вся научно-исследовательская работа вузов координировалась комитетом ученых. Он был создан при городском комитете партии 27 июня 1941 г. по инициативе ряда профессоров. В его состав вошли ведущие ученые города, в т.ч. профессора И.Н. Бутаков, И.В. Геблер. М.К. Коровин. Заместителем председателя комитета стал ректор института профессор К.Н. Шмаргунов. Впоследствии такие комитеты были созданы в других городах страны.

Деятельность Томского комитета ученых получила высокую оценку научной общественности. Он объединил усилия более 300 ученых города, главным образом, физиков, химиков, геологов, горняков, медиков, биологов. Комитет содействовал использованию всех достижений науки на укрепление обороны страны, координации работы для скорейшего внедрения важнейших научных проблем в практику, особенно в решение производственных задач, оказанию помощи промышленным предприятиям, госпиталям, подготовке кадров по остродефицитным специальностям.

В первый же месяц войны вся научно-исследовательская работа института была перестроена и нацелена на разработку оборонной тематики, на оказание помощи производству, в т.ч. эвакуированным в Томск промышленным предприятиям.

Всего за годы войны учеными института была закончена и передана для внедрения в производство 291 научная тема. Труд их получил высокую оценку. Признанием научного вклада ученых института в годы Великой Отечественной войны явилось присуждение Государственных премий в 1943 г. профессорам К.В. Радугину за открытие крупнейшего Усинского месторождения марганцевых руд, А.Н. Чинакалу за создание и внедрение щитового метода разработки мощных угольных пластов Кузбасса, Л.П. Кулеву за разработку нового способа анализа газов.