Одним из центральных направлений в научно-исследовательской работе было оказание помощи Кузбассу, ставшему в годы войны основной топливной базой и центром крупной химико-металлургической промышленности страны. В институте были созданы специальные бригады ученых по разработке угольных месторождений, электротехническому обеспечению шахт, рудников, ремонту оборудования. Так, бригадой в составе профессора Д.А. Стрельникова и доцентов Г.Е. Баканова, А.Г. Мартыненко и других с привлечением студентов горного факультета разработан проект реконструкции шахты им. Калинина, обеспечивший повышение ее производительности на 100%. Профессор Н.А. Чинакал провел большую работу по внедрению изобретенного им щитового крепления, дающего огромный производственный эффект. Масштаб и значение этой работы определялись уже тем, что по заданию Наркомата угольной промышленности в г.Томске было создано специальное конструкторское бюро профессора Чинакала. Доцент А.С. Бетехтин закончил исследование по увеличению емкости аккумуляторов для шахтных электроламп и внедрил его в производство.

Многие вопросы организации и механизации горных работ были решены при участии и под руководством профессора Д.А. Стрельникова, доцентов А.В. Бетехтина, Г.Е. Баканова, И.А. Балашова и других.

В институте была создана углехимическая лаборатория под руководством профессора И.В. Геблера. Ученые регулярно выезжали в Кузбасс для решения многих производственных вопросов на месте. Они принимали участие в научно-технических конференциях, проводили консультации для инженерно-технических работников по увеличению добычи угля.

К концу 1941 г. научные исследования велись по 197 темам и сводились к решению следующих основных проблем:

• местное топливо (10 тем);
• минерально-сырьевая база промышленности и черной металлургии в Кузбассе (5 тем);
• минерально-сырьевая база промышленности цветных и редких металлов (6 тем);
• механизация горных работ в Кузбассе (4 темы);
• проблема наиболее активных катализаторов в азотной и сернокислотной промышленности (3 темы);
• подземные воды Западной Сибири (3 темы);
• нефтеносность Западной Сибири (2 темы).

Кроме того, разрабатывалось 30 тем по отдельным вопросам, разрешающим чаще всего текущие запросы промышленности, такие, как технология и конструкция автомата БН-1 для дуговой сварки; повышение стойкости режущего инструмента; канатный дефектоскоп; регенерация смазочных масел; восстановление колб ртутных выпрямителей; предупреждение и тушение подземных пожаров в Кузбассе и другие.

Среди переданных на производство огромную значимость (для промышленности Сибири) имели темы:

• «Геология Усинского марганцевого месторождения в Горной Шории» (проф. К.В. Радугин);
• «Теолого-промышленное обследование железорудных месторождений Горной Шории» (проф. И.А. Молчанов);
• «Торфо-кокс из торфяника Туганского болота у г.Томска» (проф. И.В. Геблер);
• «Монтан-воск из томского бурого угля» (проф. И.В. Геблер);
• «Линии с использованием провода одной из фаз в качестве защиты от грозовых ударов» (проф. В.К. Щербаков).

Наряду с выполнением плановой тематики институт развернул большую работу по оказанию технической помощи оборонным предприятиям г. Томска в виде многочисленных экспертиз, консультаций, проектирования новых заводов, строек и т.д. Большая работа проведена по энергоснабжению новых строек, инженерно-геологическому обследованию площадок строящихся заводов, обслуживанию текущих запросов Кузбасса, предприятий г. Новосибирска и других центров Сибири.

Тяжелое положение сложилось в городе Томске осенью 1941 г. с электроснабжением. Маломощная городская электростанция не могла обеспечить потребности города электроэнергией, особенно после размещения почти четырех десятков эвакуированных промышленных предприятий. На кафедре электрических станций под руководством доцента И.Д. Кутявина было создано специальное проектное бюро по увеличению мощности действующей ТЭЦ-1. В работе бюро приняли активное участие доценты Е.М. Пухов, В.Г. Юринский, Ю.Е. Неболюбов, асс. М.Ф. Антонов, а также около 20 студентов энергофака, среди них Е. Прохорня, И. Шалин, И. Брюханов. Мощность электростанции увеличена с 7 тыс. до 11 тыс. кВт/ч. Подверглась реконструкции институтская электростанция. Активное участие в монтажных работах приняли мастера М.В. Миронов, Б.Н. Титов, студенты Б. Барковский, И. Шилин, Е. Прохорня. Монтажом электрических устройств руководил студент А. Старовойтов. Линия передачи электроэнергии от электростанции института до завода «Сибэлектромотор» спроектирована под руководством профессора В.К. Щербакова.