Летом 1899 года Ефим Лукьянович приехал в Томск на поезде по недавно открытой железнодорожной ветке от станции Тайга. Основная магистраль Сибирской железной дороги по проекту инженера и писателя Гарина-Михайловского была проложена в 80 верстах южнее Томска через реки Обь и Томь.

Старый Московско-иркутский тракт, главный торговый путь, связывавший с 30-х годов XVIII века Москву с Китаем, уходил из российской жизни вместе со звонким и мелодичным звуком валдайских колокольчиков многих путешественников и печальным кандальным звоном политических и гражданских ссыльных.

Томск, бывший главным транзитным торговым пунктом этого тракта, резиденцией крупных сибирских золотопромышленников, встречавший за свою историю и опального прадеда Пушкина Ганнибала, и царскую невесту - княжну Долгорукую, и ссыльных декабристов, и польских повстанцев, и наследников престола, вдруг замер.

Вздыбленный конь, ставший с 1878 года гербом губернского города как символ извоза, уступил место железному коню. И лишь названия улиц города: Кузнечный взвоз, Московский тракт, Иркутский тракт, сохранившиеся и в XXI веке, напоминают нам об эпохе торгового купеческого Томска.

Город, обойденный Великой сибирской магистралью, тем не менее, был определен местом открытия Технологического института для подготовки специалистов, необходимых, в первую очередь, для самой железной дороги. На то были веские аргументы.

Томск являлся столицей огромной губернии, в которую входили в нынешних границах Томская, Новосибирская, Кемеровская области, Алтайский край, частично Семипалатинская и Усть-Каменогорская области и Красноярский край. Накануне открытия Томского технологического института население Томска составляло 52,4 тысячи человек. Здесь же находилось Управление Сибирской железной дороги, а также Управление окружного водного транспорта. Но самым главным аргументом в пользу Томска был уже имевшийся в губернском городе Императорский университет.

Большую часть населения Томска, кроме купеческого и чиновничьего сословия, составляли приказчики, возчики, рабочие. В 1896 году в Томске было 208 фабрик и промышленных заведений, хотя многие из них были кустарного типа с незначительным числом работников. Императорский университет с единственным тогда медицинским отделением был маленьким островком просвещения на фоне Томска мещанского, обывательского.

И все же Томск значительно отличался своей культурной жизнью от других сибирских городов. Украшением его был великолепный каменный театр Королёва, построенный в 1885 году сразу после открытия университета. В Томске сибирским просветителем Петром Макушиным были открыты первые в Сибири книжные магазины, библиотеки, просветительные учреждения и общества. Томское музыкальное училище положило начало музыкальному образованию сибиряков.

С открытием Сибирской железной дороги Томск активнее вовлекается в европейский рынок. Город по-прежнему имел большой банковский оборот в Сибири в лице торгового дома братьев Кухтериных.

Как пишет томский историк Н.М. Дмитриенко в книге «Томск. История города», «Кухтерины торговали оптом и в розницу спичками, мукой, мясом и вином. Кроме того, они владели конным заводом и пасекой. Промышленное дело братья Кухтерины начали с открытия в 1893 году спичечной фабрики. В 1908 году это предприятие вошло в состав Всероссийского спичечного синдиката «Русское общество спичечной торговли». Причем Алексей Кухтерин, располагая 99 из 4 тысяч акций общества, входил в его Совет. В 1899 году они стали владельцами и мукомольной мельницы, и винокуренного завода в местечке Кузовлево, ранее принадлежавщих купцу А.Н. Пастухову...».

И ныне стоящие на берегу Томи пятиэтажные железобетонные здания «Томских мельниц» были построены торговым домом Кухтериных в 1914 году по последнему тогда слову техники, но уже не без помощи специалистов ТТИ.

Вот так сыновья Евграфа Кухтерина, «короля извоза», с приходом Сибирской железной дороги стали успешными промышленниками. И это лишь один пример перехода поколений от купцов в промышленники. Новый слой буржуазии в Томске представляли также Некрасов, Валгусов, Макушин, Вытнов. Дети многих купцов вскоре станут студентами Томского технологического.

Заметно стал меняться и внешний облик города. На фоне Томска деревянного центральная часть города формируется новыми площадями, кварталами из кирпичных зданий. К немногочисленным особнякам золотопромышленников, а также дому губернатора и Губернского управления прирастают монументальные здания архитектора К.К. Лыгина: Общественное собрание, казначейство, аптека Штольца и Шмитта, дом Флеера, Второвский пассаж, торговый дом купца Гадалова, дом купчихи Орловой, губернский суд, коммерческое училище и ряд других.

Творения Лыгина с его особой технологией и материалом (красный кирпич, соединенный желтой глиной из местного песчаника) и томские деревянные кружевные терема архитекторов Оржешко, Федоровского, Лангера сформировали неповторимый, прекрасный облик сибирского города, гармонично соединивший в своем градостроительстве европейский стиль с азиатским, сибирским колоритом.

Томск с великолепным университетским ботаническим садом и рощей, многочисленными парками и бульварами, несмотря на типичную для всех провинциальных городов грязь, напоминал Ефиму Лукьяновичу Славянск. Он сразу сроднился с Сибирскими Афинами.

Институт строился на одном из возвышенных мест Томска губернского. Отсюда как на ладони виднеется панорама центральной части города: на фоне деревянных домов и каменных зданий сверкают златоглавые купола православных храмов, видны мусульманские мечети с минаретами, иудейская синагога, польский костел, миниатюрная белоснежная лютеранская кирха, отражающие всю многоликость сибирского города.

На этом холме Ефиму Лукьяновичу Зубашеву предстояло построить новый храм – Храм Науки в Сибири. И, со свойственной его характеру энергией, начал он «устроительство» института в самом широком смысле этого слова.