Кафедра прикладной математики в Томском политехническом университете была открыта в 1972 г. по решению Ученого Совета университета на основании приказа Минвуза РСФСР от 15 сентября 1972г. Кафедра создавалась с целью повышения профессиональной подготовки инженеров-математиков по инициативе ректора университета И.И. Каляцкого и профессора В.А. Кочегурова, который стал первым заведующим кафедрой прикладной математики.
Импульсом к решению открытия специальности “прикладная математика” в томском политехническом университете явились успехи общеизвестной научной физической школы, созданной профессором Ворбьевым, по созданию уникальных электрофизических установок электронного синхротрона “Сириус” и др.

Сооружение и эксплуатация таких установок способствовали развитию научного направления, связанного с математически моделированием и применением средств вычислительной техники в физических исследованиях, что требовало молодых специалистов данного профиля.
Кафедра начала готовить специалистов по прикладной математике с присвоением квалификации инженера-математика.
В 1991 году в Томском политехническом университете подготовка специалистов прикладной математики начата на многоуровневой системе. Для этих целей были впервые разработаны новые учебные планы и рабочие программы для трех уровней подготовки: бакалавр (4 года), инженер (5 лет), магистр (6 лет). Для инженерной подготовки в учебных программах предусматривается специализация выпускников в области разработки и эксплуатации алгоритмического и программного обеспечения компьютерной технологии контроля сложного электроэнергетического оборудования.

По магистерским учебным планам были утверждены две программы:

• “Математическая физика”
• Уравнения плазменно-химических процессов;
• Методы решения нелинейных дифференциальных уравнений математической физики в задачах радиоэлектроники, физики плазмы, экологии;
• Применение интегральных уравнений и методы их решения в задачах радиоэлектроники и экологии.

Руководитель – д.ф.-м.н., профессор Григорьев В.П.

• “Математическое моделирование”
• Идентификация систем управления и планирования эксперимента;
• Информационные технологии компьютерного моделирования;
• Моделирование в задачах геофизики, экологии, медицине, финансовой математике.

Руководитель – д.т.н., профессор Кочегуров В.А.

С 2001 года кафедру возглавляет д.ф.-м.н., профессор Григорьев В.П. К настоящему времени кафедрой подготовлено около 1000 специалистов по направлению "Прикладная математика и информатика". Выпускники кафедры успешно работают в научных и научно-образовательных учреждениях, на промышленных предприятиях, в коммерческих и банковских структурах, а также в зарубежных фирмах. Многие работают руководителями в ведущих научных учреждениях России (ОИЯИ г. Дубна, ИСЭ, ИЯФ г. Томск; СЭИ СО РАН  г. Иркутск и др.). При этом они не теряют связь с кафедрой, а плодотворно с ней сотрудничают и оказывают посильную помощь.

В 2002 году на средства выпускников кафедры (Аспидов П.В., Келус А.Р., Козлов В.И., Путилов Д.А., Пыхова О.В. Сименихин А.П., Смышляева О.Д., Фишер О.В., Хижняк И.В.) был создан компьютерный класс.

Большое внимание на кафедре уделяется научной деятельности. При этом кафедра устанавливает научные контакты с академическими центрами и институтами и научно-исследовательскими институтами Томского политехнического университета.
Основными научными направлениями кафедры являются:

• Математическое моделирование физических процессов в пучках заряженных частиц и электромагнитного излучения (Руководители - проф. Григорьев В.П., проф. Коваль Т.В., доц. Офицеров В.В.)
• Методы обработки геофизической информации (Руководитель доц. Иванченков В.П., доц. Степанов Д.Ю.)
• Применение математических методов в медицине (Руководители - проф. Кочегуров В.А., доц. Константинова Л.И., доц. Шкатова Г.И.)
• Применение математических методов в экономике (Руководители - проф. Григорьев В.П., проф. Коваль Т.В., доц. Козловских А.В., доц. Огородников А.С.)
• Применение математических методов в психологии (Руководители - проф. Кочегуров В.А., проф. Берестнева О.Г.)

• Применение математических методов в системах управления (Руководители - доц. Бабушкин Ю.В., доц. Зимин В.П., доц. Гальченко В.Г., Вадутова Ф.А.)

По данной тематике сотрудниками кафедры за последние годы выполнены следующие научно исследовательские и проектные работы:

• Моделирование и исследование отражательного триода с виртуальным катодом, 2001- 20002г. (для фирмы: Tomson Tubes Electroniques, Франция);
• Теоретические исследования формирования и транспортировки электронного пучка в газе пониженного давления, 2002г. (для ИСЭ СО РАН);
• Моделирование транспортировки низкоэнергетического электронного пучка в плазме и оптимизация его параметров, 2004-2005г. (для фирмы IT AC ltd, Токио, Япония);
• Моделирование захвата электронов в режим ускорения в малогабаритных бетатронах 2006 г.(НИИ Интроскопии г. Томск.);
• В 2008- 2009г. выполнялся совместный грант РФФИ с институтом ИСЭ СОР АН по проекту «Исследование ограничения тока и трансформации радиального профиля замагниченного нерелятивистского сильноточного электронного пучка,
  транспортируемого в плазме»;
• По теме “Применение математических методов в психологии” в 2001-2009 годах было выполнено несколько проектов по грантам РФФИ и РГНФ. В 2011 году получен грант РГНФ “Распределенная информационно-аналитическая система оценки компетентности ИТ-специалистов”.

По результатам выполнения НИР сотрудниками кафедры опубликовано 14 монографий, 4 научных межвузовских сборника, 2 сборника научных работ студентов и аспирантов, более 25 учебных пособий, более 800 научных работ. Получено более 30 патентов СССР и РФ. Направлено 2 программных комплекса в Государственный Фонд алгоритмов и программ.

Студенты кафедры принимают активное участие в учебно-исследовательской и научно-исследовательской работе. Участие в олимпиадах по программированию и математике, конкурсах лучших студенческих работ позволяет студентам проявить свои творческие возможности. Результаты исследований студентов обсуждаются на научных семинарах кафедры, лучшие из них рекомендуются к публикации в материалах конференций и журналах.

На кафедре студенты за успехи в учебе и научных исследованиях неоднократно награждались стипендией Потанина и были призерами “УМНИКА” и Всероссийских конкурсов по научно-исследовательским работам.