Институт образован 16 февраля  2009 года, целью его создания стала необходимость подготовки инновационных менеджеров в сфере техники и технологий  и научно-образовательной сфере, способных не только эффективно использовать полученные во время обучения знания, но и генерировать и применять в своей практической деятельности новые знания в области управления.
Этапы развития Института инженерного предпринимательства:
1992 г. - Учрежден Российско-американский центр подготовки и переподготовки специалистов в рамках Российско-Американсокй программы "Образование. Бизнес. Сибирь." Учредители центра: с российской стороны: Томский политехнический университет, НИИ развития школ Сибири, Дальнего Востока и Севера, ТИАСУР, ТИСИ, Кибернетический центр при ТПУ, Томскпромстройбанк, Томский Технопарк. С американской стороны: Государственный университет штата Огайо (г. Колумбус, США), центр по образованию и подготовке кадров (госуниверситет Огайо, Колумбус, США);
1993 г. - Первая языковая стажировка в Огайском государственном университете;
1994 г. - Первая языковая стажировка во Франции;
1995 г. - Первые профессиональные стажировки в Сент-Луисе и Далласе (Штат Техас, США);
1996 г. - Первый в Томске выпуск бакалавров менеджмента (42 человека);
1997 г. - Первая программа включенного обучения в Высшей национальной школе искусств и профессий (Париж, Франция);
1998 г. - Открытие образовательной программы "Переводчик в сфере профессиональной коммуникации"; Вступление в члены Российской ассоциации бизнес-образования (РАБО);
1999 г. - Открытие межфакультетской кафедры международного менеджмента;
2000 г. - Открытие магистерских программ "Международный бизнес", "Управление проектами", "Управление персоналом"; Первая языковая стажировка по китайскому языку (Цзилиньский университет, Китай);
2001 г. - При кафедре международного менеджмента создана Медиатека;
2002 г. - Первый выпуск магистров менеджмента; создание Международного Центра МВА; Открытие англоязычной программы по направлению "Менеджмент";
2003 г. - Начало занятий по программе МВА;
2004 г. - Открытие Президентской программы подготовки управленческих кадров; Создание Института Международного Менеджмента;
2005 г. - Открытие специальности "Менеджмент организации"; Лицензирование программы МВА;
2006 г. - Десятилетие выпуска первых бакалавров; Открытие новой магистерской программы "Менеджмент в медиа-бизнесе";
2007 г. - Впервые выиграны гранты Ecole Politechnic, Erasmus Mundus;
2008 г. - Принято решение ученого совета об открытии мегистерской программы "Менеджмент в IT";
2009 г. - Создание Института Инженерного Предпринимательства; Открытие кафедры ДИЯ, ИП; в состав ИИП входит кафедра ОТВПО;
2010 г. - Создание лаборатории Полигон инженерного предпринимательства; Подготовка бакалавров по новому направлению "Инноватика" и магистров по ноправлению "Предпринимательство в инновационной деятельности"; Договор с Кентским университетом о Double Degree программе по направлению "Менеджмент в медиа-бизнесе".