Цапко С.Г. занимается научной деятельностью по направлениям «имитация динамики функционирования сложных технических систем на основе аппарате сетей Петри» и «технологии информационной поддержки жизненного цикла изделий (CALS)».
Тематика докторской диссертации Цапко С.Г. находится на стыке указанных научных направлений. Предварительная тема докторской диссертации «Разработка методологии формирования единого информационного пространства проектирования и испытаний бортовой радиоэлектронной аппаратуры космических аппаратов».
С 2009 года Цапко С.Г. активно взаимодействует с европейскими вузами. За время сотрудничества выполнено более 10 стажировок в университетах Германии, Австрии и Франции, разработана программа взаимодействия с университетом Карлсруэ по подготовке магистерских диссертаций студентами ТПУ в институтах, обслуживающих синхротрон ANKA.
Цапко С.Г. является ответственным исполнителем хоздоговора на разработку единого информационного пространства проектирования и испытаний унифицированных электронных модулей систем управления и электропитания космического аппарата на основе технологий управления жизненным циклом наукоёмких изделий. В 2011 году под руководством Цапко С.Г. выполнен договор с институтом кристаллографии РАН. В 2012 году успешно выполнены работы по госконтракту в рамках ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007 – 2013 годы» (мероприятие 1.4 – VIII очередь) по теме «Разработка методологических принципов построения и создание прототипа интегрированной информационной среды проектирования и испытаний бортовой радиоэлектронной аппаратуры космических аппаратов на базе современных технологий поддержки и сопровождения жизненного цикла изделий». В настоящее время Цапко С.Г. является руководителем договоров по тематикам «Разработка программно-информационного комплекса электронного документооборота при проектировании бортовой РЭА КА в ОАО «ИСС» с применением технологий информационной поддержки жизненного цикла изделий» и «Программный комплекс реконфигурации полезной нагрузки».