Научный отдел, как общеинститутское структурное подразделение, был организован вместе с созданием Физико-технического института Томского политехнического университета в 2010 году.

Основной задачей работы отдела является проведение информационно-организационных и координационных мероприятий в области научно-исследовательской работы:

• организация выполнения научных исследований по тематическому плану Министерства образования и науки РФ, программам и грантам;
• организация выполнения НИОКР по хозяйственным договорам с предприятиями и организациями различной формы собственности;
• координация работ кафедр, научных лабораторий, и НОЦ в рамках научно-образовательного института;
• организация, планирование, контроль и координация экономической деятельности научных подразделений института;
• патентно-информационная, организационная и консультационная поддержка научных коллективов, сотрудников, преподавателей, аспирантов, докторантов и студентов института;
• координация работы кафедр и научных лабораторий по вопросам подготовки аспирантов и докторантов;
• контроль исполнения указаний и нормативных документов вышестоящих организаций по научной и инновационной деятельности.
• составление отчетов и справок по результатам научной деятельности института.