Лаборатория 46 была создана в 1970 году по инициативе директора Научно-исследовательского института ядерной физики, электроники и автоматики при ТПИ, д.ф.-м.н., профессора Диденко Андрея Николаевича, одного из ведущих специалистов в области физики пучков заряженных частиц и ускорительной техники. Позднее за исследования, выполненные под его научным руководством, он был избран член-корреспондентом Академии наук СССР. Диденко А.Н. осуществлял научное руководство и определял направления научных исследований, основным из которых являлось - разработка технологии высокодобротных сверхпроводящих ниобиевых СВЧ резонаторов.
Лаборатория 46 как научное подразделение института создавалась на базе технического подразделения – лаборатории криогенной техники (ЛКТ), расположенной на промплощадке исследовательского ядерного реактора, и укомплектовывалась научным персоналом из лаборатории 41, в то время, сектора сверхвысоких частот (руководитель сектора к.т.н. Юшков Юрий Георгиевич). Первым заведующим лабораторией был назначен к.т.н. Уралов Георгий Александрович, до этого работавший руководителем сектора СВЧ. В 1971 году заведующим лабораторией был назначен старший инженер сектора СВЧ Каминский Валерий Людвигович, который проработал в должности заведующего более 43 лет. Он внес большой вклад в развитие лаборатории.
После образования лаборатории за короткое время она была хорошо оснащена необходимым электротехническим и криогенным оборудованием, в том числе, уникальной установкой – высоковакуумной высокотемпературной печью для отжига сверхчистого ниобия. Это позволило быстро, в течение нескольких лет создать технологию сверхпроводящих СВЧ резонаторов с добротностью 109-1010, а также провести ряд оригинальных исследований, направленных на использование таких резонаторов для решения задач ускорительной техники и накопителей высокочастотной энергии. Большой вклад в развитие этих работ внесли следующие сотрудники ЛКТ: Августинович В.А., Артеменко С.Н., Каминский В.Л., Самойленко Г.М., Севрюкова Л.М., а также сотрудники сектора СВЧ: Каминская Р.Г., Новиков С.А., Разин С.В., Шиян В.П., Юшков Ю.Г. и другие. В 1973 году Диденко А.Н. опубликовал монографию «Свехпроводящие волноводы и резонаторы». Эта книга имела большое значение для развития работ в лаборатории.
Однако из-за финансовых трудностей в 80-х годах экспериментальные работы по сверхпроводимости были прекращены. В 1987 году из лаборатории 41 была переведена группа научных сотрудников во главе с Юшковым Ю.Г., которая проводила исследования резонансной импульсной СВЧ компрессии. В это время основное направление исследований в лаборатории было скорректировано и в основном было направлено на изучение электромагнитных и плазменных процессов при резонансной временной компрессии наносекундных СВЧ импульсов. Эти исследования создавали основу для решения многих прикладных задач, связанных с разработкой и созданием сверхмощных источников электромагнитного изучения для ускорителей техники, радиолокации малозаметных целей, воздействия мощного излучения на электронных системы и биологические объекты.
Для проведения работ по резонансной компрессии СВЧ импульсов в лаборатории создана необходимая производственная и экспериментальная исследовательская база, которая включает мощные источники СВЧ излучения (магнетронные СВЧ генераторы) с выходной импульсной мощностью до 2,5 МВт, импульсные СВЧ компрессоры, стенды для проведения СВЧ измерений в различных частотных диапазонах на низком и высоком уровнях мощности, стенд для исследования взаимодействия лазерного и СВЧ излучений с газоразрядной плазмой, установки для получения газообразных и жидких газов (азота, кислорода, аргона и др.), безэховую камеру, персональные компьютеры и др. Общая площадь всех производственных и лабораторных помещения составляет около 1500 м2.
Исследования резонансной импульсной компрессии при накоплении высокочастотной энергии в волноводных резонаторах стоячей волны впервые были начаты в НИИ ЯФ при ТПИ. Первый демонстрационный эксперимент был проведен в 1973 году. За прошедшие годы, полученные результаты в этой области исследований обеспечивают лидирующее положение коллектива лаборатории не только в нашей стране, но и за рубежом. Разработанные и созданные в лаборатории резонансные СВЧ компрессоры были поставлены во многие исследовательские центры, в том числе в лаборатории Франции, Израиля и Сингапура.
Выполненные исследования поддерживались грантами Международного фонда и Правительства Российской Федерации, Российским фондом фундаментальных исследований, различными научно-техническими программами, хозяйственными договорами с российскими организациями и контрактами с зарубежными фирмами.
В 1990 году за работу в области радиоэлектроники сотрудники лаборатории д.т.н. Юшков Ю.Г. и к.т.н. Разин С.В. стали лауреатами премии Совета Министров СССР. В 2009 году 4 сотрудника лаборатории (Юшков Ю.Г., Артеменко С.Н., Новиков С.А., Чумерин П.Ю.) за исследования электромагнитных и плазменных процессов при генерации, усиление и компрессии сверхмощных наносекундных СВЧ импульсов получили звание "Лауреат премии Томской области в сфере образования, науки, здравоохранения и культуры".