Лаборатория 46, как самостоятельное научное подразделение была создана в 1970 году по инициативе директора Научно-исследовательского института ядерной физики, электроники и автоматики Диденко Андрея Николаевича.

В разные годы лабораторией руководили:

• 1970 – 1971 гг. – к.т.н. Уралов Георгий Александрович,
• 1971 – 2014 гг. – Каминский Валерий Людвигович,
• 2015 г. по наст.вр. – д.ф.-м.н. Чумерин Павел Юрьевич.

с 1970 года в лаборатории подготовлено 4 доктора наук, 10 кандидатов наук. Два сотрудника лаборатории в 1990 году стали лауреатами премии Совета Министров СССР. Сотрудниками лаборатории получено 63 авторских свидетельств и патентов, опубликовано более 230 статей.

1 июня 2010 г. в соответствии с утвержденной приказом Минобрнауки от 17 ноября 2009 г. № 613 Программой развития ГОУ ВПО "Томский политехнический университет" на 2009-2018 годы лаборатория была выведена из структуры НИИ ЯФ и введена в состав Физико-технического института (ФТИ).

В настоящее время в лаборатории 46 работает 18 человек, из них 4 научных сотрудников, 1 аспирант, 8 инженеров 2 техника и 3 высококвалифицированных рабочих. Ученую степень доктора наук имеют 4 сотрудника (Юшков Ю.Г., Артеменко С.Н., Новиков С.А., Чумерин П.Ю.), кандидата наук – 2 сотрудника (Самойленко Г.М., Игумнов В.С.).