И. В. Пегель занимается преподавательской деятельностью в Национальном исследовательском Томском политехническом университете на кафедре сильноточной электроники Института физики высоких технологий, работая здесь по совместительству с 2005 года в должности доцента, с 2007 — профессора. Читает для магистрантов кафедры лекционные курсы «Физика пучков заряженных частиц» и «Электродинамика сверхвысоких частот». Им разработаны одноименные электронные учебные курсы в системе Moodle. Изданы учебные пособия и курс лекций: Беломытцев С. Я., Пегель И. В. Физика сильноточных пучков заряженных частиц. Учебное пособие. – Томск: Издательство ТПУ, 2008. 115 с. Пегель И. В. Электродинамика сверхвысоких частот. Учебное пособие. – Томск: Издательство ТПУ, 2009. 158 с. Месяц Г. А., Пегель И. В. Введение в наносекундную импульсную энергетику и электронику (курс лекций для физиков и инженеров). – М.: ФИАН, 2009. 192 с.

И. В. Пегель принимал участие в формировании платформы «7. Развитие научных исследований и опережающая подготовка элитных специалистов и команд профессионалов мирового уровня в сфере энергосбережения, базовых, специальных и промышленных электроразрядных, радиационных и пучково-плазменных технологий» Инновационной образовательной программы ТПУ 2007—2008 гг.