За плодотворную научную и педагогическую деятельность В.И. Данилов награжден Почетной грамотой Президиума РАН, Нагрудным знаком «Заслуженный ветеран СО РАН», Нагрудным знаком СО РАН «Серебряная сигма», Почетными грамотами администраций Томской и Кемеровской областей, дипломами победителей конкурсов научных и учебно-методических работ.