Цель Института воды: подготовка и реализация комплексных решений по водоподготовке, водоочистке и эксплуатации водных ресурсов на основе НДТ (наилучших доступных технологий).

Задачи Института воды:

1. Совершенствование методов водоподготовки и водоочистки.
2. Разработка принципов создания комплексных моделей рационального использования водных ресурсов в интересах потребителей различных уровней.
3. Разработка и внедрение технологий очистки природных и сточных вод.
4. Развитие инфраструктуры для реализации комплексных проектов, разрешающих проблемы водоочистки, водоподготовки и рационального использования водных ресурсов.
5. Совершенствование системы непрерывной подготовки кадров в области НИР, НИОКР, производства и эксплуатации комплексов водоподготовки и очистки сточных вод (магистратура и курсы повышения квалификации различных уровней).