Область научных интересов:

- дидактика вышей школы;

- петрология ультрамафитов.

Основные научные направления: преподавание геолого-географических дисциплин в вузе; петроструктурная эволюция ультрамафитов.

С 01.01.2013 г. по 31.12.2014 г. Пугачёва Е.Е. была научным руководителем проекта «Фундаментальные образовательные объекты как средство развития метапредметности в географии». Заказчик проекта – ФГБОУ ВПО «ТГПУ»; шифр работы, присвоенный организацией - Е.39.16/2013. Основание для проведения НИОКР – инициативная, источники финансирования – собственные средства, вид работы – НИР прикладная.