Лицей открыт в июне 1992 года. (Постановление главы администрации г. Томска № 1180р от 08.06.1992г.) с присвоением статуса юридического лица с полным наименованием « Томский муниципальный химический лицей». Инициатива доцентов химико-технологического факультета ТПУ А. А. Медвинского, В. М. Икрина, Г. В. Ныш, Н. И. Гаврюшевой и других была поддержана Управлением Образования г. Томска. Его уникальность состоит в том, что это единственное в городе муниципальное учреждение, работающее полностью на площадях ВУЗа – Томского политехнического университета. Взаимоотношения с Томским политехническим университетом регулируются договором о совместной деятельности между управлением образования Томской городской администрации и Томским политехническим университетом от 20 мая 1992г. Приказом Департамента образования администрации г. Томска № 55 от 13.02.2001г. лицей переименован в Муниципальное общеобразовательное учреждение лицей при ТПУ города Томска. 23 января 2001 г. лицей аккредитован, получив государственный статус «лицей» (приказ управления образования администрации Томской области № 12/1).
В лицей по конкурсу портфолио принимаются выпускники 9-х классов и осуществляется подготовка в соответствии с уровнем образовательных программ III ступени (старшая школа среднего (полного) общего образования) по всем предметам, кроме предметов профильного цикла (алгебра и начала анализа, геометрия, физика, химия), по которым реализуются модифицированные программы. Лицей состоит из трех 10-х и трех 11-х классов, около 170 обучающихся.
На 1 сентября 2007 года в лицее работает 22 педагогических работника, из них 8 совместителей, преподавателей Томского политехнического университета. 16 педагогов лицея имеют высшую квалификационную категорию (73% от общего числа). По стажу работы 6-10 лет – 1 человек, 11-15 лет – 3 человека, 16-20 лет – 5 человек, 21-25 лет – 5 человек, 28 лет и более – 8 человек. Высококвалифицированный, достаточно молодой педагогический коллектив лицея ежегодно через систему повышения квалификации (ТОИПКРО, ТГУ, ФИПИ и т. д.) наращивает свой творческий и профессиональный потенциал.
Лицей конкурсного инновационного типа, с марта 2004г. имеет статус муниципальной инновационной площадки (приказ департамента образования администрации г. Томска № 121 от 15.03.2004г. инновационный проект «Системное обеспечение профильного образования в лицее, функционирующем при высшем учебном заведении»). Учреждение ориентировано на подготовку будущих специалистов элитного уровня для Томского политехнического университета, для профориентационной работы и организации научных исследований лицеистов привлечены доценты и профессора ТПУ, организованы занятия на кафедрах и в НИИ Университета. Результаты исследовательских работ лицеистов представляются на конкурсах, семинарах и конференциях. В сентябре 1997 лицей участвовал в конференциях по экологическому образованию в г. Шамбери (Франция) и в г. Люнебурге (Германия). В мае 1998 года лицей стал Дипломантом образовательной выставки в г. Никосия (Кипр). С 1999 года лицеисты впервые становятся Лауреатами Всероссийских юношеских чтений им. В. Вернадского. С 2004 года лицеисты – постоянные участники и дипломанты Международных научно-технических конференций школьников, проводимых МФТИ, МИФИ (г. Москва). Ежегодно лицеисты представляют свои проекты и побеждают на Колмагоровских чтениях (МГУ, г. Москва), международных и региональных конференциях в г. Новосибирске, Барнауле, Самаре и других. С 2007 года лицей – опорная школа в рамках реализации городского проекта «Олимпиадный тренинг». На его базе осуществляется подготовка к олимпиадам по математике, организация математических боев для 9-11 классов, руководитель – Кириенко С. Г., учитель математики, победитель ПНПО. В 2007-2008 году команда лицея при ТПУ заняла второе место на Всероссийском турнире математических боев памяти Е. В. Напалковой. В 2006-2007гг. лицеисты заняли на городской и областной олимпиадах 21 призовое место, несмотря на то, что у нас всего 6 классов-комплектов. Лицеисты заняли первые места в Томской области по физике, химии, астрономии, английскому языку, второе место – по математике.
Лицей при ТПУ – учреждение, открытое для инициатив и связей с различными социальными партнёрами.
Совместно с ТПУ, Департаментом образования Томской области и города Томска, ОГУ «Облкомприрода» лицей в течении девяти лет проводит региональную конференцию «Юные исследователи – Российской науке и технике», семинар для учителей региона «Инновационные подходы к решению задач довузовской подготовки» и другие.
Партнёр лицея – компьютерная фирма «Интант» директор которой Попов В.Л. – председатель Попечительского совета лицея при ТПУ. В 2007 при поддержке фирмы был осуществлен проект «Дистанционное участие» в четвертой Всероссийской межвузовской конференции молодых исследователей «Образование, наука, профессия» в г. Отрадном Самарской области. С 2007г. В лицее реализуются два трехсторонних договора: ТПУ, лицей, ОАО Стройнтрансгаз; ТПУ, лицей, филиал ОАО «Системный оператор – ЕЭС России» на непрерывную подготовку специалистов. Лицей –лауреат Всероссийской выставки «Образовательная среда – 2005»(г. Москва), в 2007 и в 2008 годах лицей – лауреат межрегиональной выставки-конкурса «Сибирские Афины», в 2008 году лицей- победитель конкурса инновационных школ в рамках ПНПО, в 2008 году учреждение занесено в федеральный реестр «Всероссийская книга Почета».
По результатам итоговой аттестации в форме ЕГЭ по математике, физике, химии, информатике, русскому и английскому языкам, начиная с начала эксперимента (2002г.) лицей занимает лидирующие позиции в Томской области, показывает необходимую динамику показателей.
Все выпускники лицея поступают в вузы, в основном в ТПУ.
