Основными задачами «УНПЦ «ВОДА» ИПР являются:

• проведение научно-исследовательских работ по геологии, химии, биологии воды, водоподготовке, управлению, использованию и охране водных ресурсов в рамках единого заказ-наряда ТПУ, федеральных, региональных и межвузовских и других программ, а также по контрактам (договорам) с различными водохозяйственными организациями;
• подготовка и переподготовка инженерных и научных кадров современного уровня, умеющих решить актуальные комплексные проблемы чистой воды, водных ресурсов, водопользования, менеджмента;
• внедрение современных, включая электронные, новых технологий в различные водохозяйственные организации;
• подготовка и издание статей и монографий по водным проблемам;
• использование полученных материалов для подготовки диссертационных работ научными сотрудниками, аспирантами, магистрантами, а также для реальных курсовых проектов и выпускных квалификационных работ студентами университета по специальностям: гидрогеология, геоэкология, водные ресурсы, геохимия и геохимические поиски полезных ископаемых и др.

Базовым научным подразделением УНПЦ «ВОДА» является ПНИЛ гидрогеохимии. Проблемная научно-исследовательская гидрогеохимическая лаборатория Томского политехнического университета (ПНИЛ гидрогеохимии) как научное подразделение создана приказом МВ и ССО РСФСР № 87 от 24.02.75 года при кафедре гидрогеологии и инженерной геологии Томского политехнического университета из проблемной геологической лаборатории, которая была открыта по приказу МВиССО СССР № 297 от 12.03.57 г. По приказу ректора ТПУ с 16 апреля 1963 г. основным направлением лаборатории становится гидрогеохимическое и научным руководителем лаборатории является профессор П.А. Удодов (1903-1981 гг.) - основатель Томской гидрогеохимической школы. В настоящее время 25 лет научное руководство лабораторией осуществляет профессор С.Л. Шварцев.

Во все периоды своей деятельности ПНИЛ гидрогеохимии УНПЦ «Вода» активно участвует в подготовке инженерных кадров, магистрантов, аспирантов, кандидатов и докторов наук. На базе аккредитованной в Системе аналитических лабораторий Госстандарта РФ на техническую компетентность и независимость ПНИЛ гидрогеохимии исследуется химический, газовый и микробиологический состав вод в разных природных условиях: от степей Хакасии до лесов Томской области, Кузбасса, Горного Алтая и тундры Полярного Урала.

Активное участие студентов в выполнении НИР на базе ПНИЛ гидрогеохимии способствует их профессиональному росту и достижению успехов в научной деятельности. В 2006 г. за научные работы, выполненные на базе исследований в ПНИЛ гидрогеохимии, студентами и молодыми учеными получены медаль РАН и медаль Минобразнауки РФ, звания лауреатов конкурсов «Лучший студент ТПУ», «Лучший выпускник России», Премии Томской области в сфере образования, науки, здравоохранения и культуры. Студенты стали обладателями Премии РАН, дипломов Всероссийских конкурсов НИРС, стипендии Президента РФ, Международная премия им. В.И. Вернадского и др.