С 1999 по настоящее время ведет лекционные и лабораторные занятия по дисциплинам: «Биология», «Почвоведение», «выветривание и почвообразование», «Химия и микробиология воды», «Химия воды», «Ландшафты и природно-техногенные комплексы», «Оценка воздействия на окружающую среду», «Регулирование речного стока», руководит курсовым и дипломным проектированием; учебными и производственными практиками.

Учебно-методическая работа

Наливайко Н.Г. были подготовлены и изданы учебные пособия с грифом УМО: «Микробиология воды», «Регулирование речного стока», «Биология», «Лабораторный практикум по микробиологии воды», «Методика эколого-геохимических исследований» (в соавторстве), «Проектирование водохозяйственных систем» (в соавторстве).

Научно-исследовательская работа

Научные интересы связаны с экологической и индикаторной деятельностью микроорганизмов природных вод. Список научных публикаций Наливайко Н.Г. включает более 60 научных трудов в реферируемых журналах. В том числе в изданиях, индексируемых в базе SKOPUS. При финансовой поддержке Администрации г. Томска была подготовлена и опубликована с соавторами монография «Атлас бактериальных пейзажей города Томска». За научную деятельность была награждена нагрудным знаком «Отличник разведки недр» (приказ Министерства природных ресурсов Российской федерации от 16.07.2008 № 327-ле; удостоверение № 1561).

Воспитательная работа со студентами

Наливайко Н.Г. в течение 10 лет (с 2000 г по январь 2010 г.) была ответственной за научную работу студентов на кафедре. Проводит научные исследования со студентами. За результаты, достигнутые в этой сфере деятельности была награждена нагрудным знаком «За развитие научно-исследовательской работы студентов» (приказ Минобрнауки России от 08.08.2008 № 1160/к-н). В течение ряда лет выполняла и ведет в настоящее время кураторскую работу студенческих групп.