Научные публикации: Общее количество публикаций – 221, в том числе:

• монографии:
  • Малышенко А. М. Математические основы теории систем. – Томск: Изд-во Томского политехн. ун-та, 2004. – 334 с.
  • Малышенко А. М. Системы автоматического управления с избыточной размерностью вектора управления. – Томск: Изд-во Томского политехнического ун-та, 2005. – 302 с.
  • Сорокалетие факультета автоматики и вычислительной техники Томского политех-нического университета / под ред. А. М. Малышенко. – Томск: Изд-во Томского политехнического ун-та, 2001. – 279 с.
  • Малышенко А. М., Вадутов О. С. Сборник тестовых задач по теории автоматического управления. – Томск: Изд-во Томского политехнического ун-та, 2006. – 366 с. (в печати).
  • Подготовка к изданию учебников и учебных пособий для вузов / под ред А. М. Малышенко. – Томск: Изд-во Томского политехнического ун-та, 2006. – 162 с. (в печати).
• статьи:
  • Малышенко А. М. О характере взаимодействия управляющих входов в управляемых объектах / Научно-техн. сборник “Теория и техника автоматического управления”. – Томск: КЦ ТПУ, 2001 г., с. 62–65.
  • Малышенко А. М., Белицкая Л. А. Автоматизация формирования математических моделей кинематики манипуляционных роботов / Научно-техн. сборник Теория и техника автоматиче-ского управления”, Томск: КЦ ТПУ, 2001 г., С. 106 – 111. Деп. в ВИНИТИ 4.10.01 г. № 2092-В01.
  • Малышенко А. М., Ворошилова Е. В. Исследование устойчивости систем с интервально- определенными параметрами / Научно-техн. сборник “Теория и техника автоматического управления”, Томск: КЦ ТПУ, 2001 г., с. 75 – 80. Деп. в ВИНИТИ 4.10.01 г. № 2092-В01.
  • Малышенко А. М., Семенов Н. М. Аппроксимированная модель колебаний упругого стержня / Научно-техн. сборник “Теория и техника автоматического управления”- Томск: КЦ ТПУ, 2001 г., С. 81 – 87. Деп. в ВИНИТИ 4.10.01 г. № 2092-В01.
  • Малышенко А. М. Маневренность управляемых динамических систем и ее квалиметрия / Мехатроника, автоматизация и управление, 2005, № 3, с. 3–7.
• тезисы докладов:
  • Малышенко А. М. Приведение математических моделей сложных линейных стационарных систем к форме «вход – состояние – выход» на основе матричного способа описания их подсистем // Тезисы докладов н/п семинара “Проблемы синтеза и проектирования систем автоматического управления”, Новосибирск, 13–15 июня 2001 г.
  • Малышенко А. М., Белицкая Л. А. Тезисы докладов VII междунар. н/п конф «Современные техника и технологии», Томск: Изд. НТЛ ТПУ, 2001 г., с.
  • Александрова Т. В., Малышенко А. М. Виртуальная модель контроля качества продукции.// YIII междунар. научно-практ. Конф. «Современные техника и технологии» - Томск: Изд. ТПУ, т. 2, стр. 167-168.
  • Малышенко А. М., Шелков Д. В. Математические модели для анализа систем автоматического управления с избыточной размерностью вектора правления / Тезисы докладов н/п конф-ии Сургутского гос. ун-та, апр. 2001 г.
  • Пусев Д. В., Малышенко А. М. Сравнительный анализ методов настройки промышленных регуляторов //Сб. трудов IV Всерос. н/п конф. «Молодежь и современные информационные технологии», 28 февр. – 2 марта 2006 г. – Томск: Изд-во Томского политехнического ун-та, 2006. – С. 269–270.