Родился 7 июля 1954 г. в Красноярском крае. Школьные годы прошли в г. Осинники Кемеровской области. В 1976 году окончил геологоразведочный факультет Томского политехнического института, получив квалификацию горного инженера по специальности «Технология и техника разведки месторождений полезных ископаемых».
В Томском политехническом институте (с 1976 г. - университете) работает с момента его окончания. Занимал должности инженера научно-исследовательского сектора, ассистента, старшего преподавателя и доцента кафедры техники разведки месторождений полезных ископаемых.
1995 г. - избран на должность заведующего кафедрой бурения нефтяных и газовых скважин.
1999-2001 гг. - декан факультета геологоразведки и нефтегазодобычи.
Апрель 2001 г. - апрель 2005 г. - проректор по учебной работе; по совместительству: с 16 апреля 2003 г. по 30 июня 2004 г. - директор Института геологии и нефтегазового дела - преемника факультета геологоразведки и нефтегазодобычи; с 2001 г. по настоящее время - профессор кафедры бурения нефтяных и газовых скважин, ныне - бурения скважин.
Апрель 2005 г. - сентябрь 2008 г. - заместитель Губернатора Томской области по кадровой политике.
12 сентября 2008 г. - 29 декабря 2008 г. - и.о. ректора Томского политехнического университета (ТПУ).
30 декабря 2008 г. утвержден в должности ректора ТПУ.
2 февраля 2012 г. кандидатура П. С. Чубика была предложена партией «Единая Россия» Президенту РФ Д. А. Медведеву на пост Губернатора Томской области.
31 декабря 2013 г. переизбран на должность ректора ТПУ.
5 сентября 2014 г. выбран экспертом Состава Экспертного совета при Правительстве Российской Федерации.