Основные работы посвящены проблемам региональной и нефтегазовой гидрогеологии, геохимии подземных рассолов, подземного захоронения радиоактивных отходов, численного физико-химического моделирования геохимических процессов, имеет 162 опубликованные работы, в том числе 4 монографии (в соавторстве) и 13 учебно-методических публикаций, автор 64 научных и производственных отчетов.

1. Букаты М.Б., Шварцев С.Л. Равновесие высокоминерализованных подземных рассолов с эвапоритовыми минералами (на примере юго-запада Сибирской платформы). // Советская геология. - N8. – 1983. - с. 114-123.
2. Букаты М.Б. Геогидродинамика нефтегазоперспективных комплексов Тунгусского бассейна. // Геология нефти и газа. -  N 2. – 1984. - с. 16-22.
3. Букаты М.Б. Гидрогеотермия Тунгусского нефтегазоносного бассейна. // Известия ВУЗ. Геология и разведка. -  N 2. – 1985. - с. 64-69.
4. Букаты М.Б. Геохимия газов подземных вод Тунгусского бассейна (в связи с оценкой перспектив нефтегазоносности). // Известия АН СССР. Серия геологическая. - N 6. – 1985. - с. 118-126.
5. Букаты М.Б. Методика моделирования водно-газовых равновесий в связи с прогнозом нефтегазоносности. // Геология нефти и газа. -  N 1. – 1992. - с. 7-9.
6. Букаты М.Б. Механизмы формирования рудопроявлений стронция в пределах западной части Сибирской платформы. // Геология и геофизика. – 1995. – т. .36. – N 2. - c. 105-114.
7. Букаты М.Б. Разработка программного обеспечения в области нефтегазовой гидрогеологии. // Разведка и охрана недр. – N 2. – 1997. - с. 37-39.
8. Букаты М.Б. Прогнозирование нефтегазоносности рифей-нижнекембрийских отложений западной части Сибирской платформы на основе изучения водно-газовых равновесий. // Геология нефти и газа. – N 11. – 1997. - с. 18-24.
9. Букаты М.Б. Равновесие подземных рассолов Тунгусского бассейна с минералами эвапоритовых и терригенных фаций // Геология и геофизика. - Т. 40. - N 5. – 1999. - c. 750-763.
10. Букаты М.Б. Проблема качества численных физико-химических моделей системы рассол-порода. // Геология, поиски и разведка месторождений рудных полезных ископаемых. Межвузовский сборник научных трудов. Вып. 25. - Иркутск: ИрГТУ, 2002. - с. 142-153.
11. Букаты М.Б., Наливайко Н.Г., Сидоренко Т.Н. Влияние захоронения сточных вод нефтегазопромыслов на подземные микробиоценозы. // Известия ТПУ. Геология поиски и разведка полезных ископаемых Сибири. Т. 305, Вып. 6, 2002. - с. 389-402.
12. Букаты М.Б. Разработка программного обеспечения для решения гидрогеологических задач // Известия ТПУ. Геология поиски и разведка полезных ископаемых Сибири. Т. 305, Вып. 6, 2002. - с. 348-365.
13. Алексеев В.А.,Рыженко Б.Н.,Шварцев С.Л.,Зверев В.П., Букаты М.Б., Чарыкова М.В.,Чудаев О.В. Геологическая эволюция и самоорганизация системы вода-порода: в 5 томах. Т. 1.: Система вода-порода в земной коре: взаимодействие, кинетика, равновесие, моделирование. Новосибирск: Изд-во СО РАН, 2005. - 244 с.
14. Букаты М.Б., Юрчик И.И., Зуев В.А., Сергеева Л.М. Перспективы использования природных вод разных химических типов при разработке месторождений нефти и газа в условиях Сибирской платформы (на примере Юрубченского месторождения). Геология, геофизика и разработка нефтяных и газовых месторождений, 2005, № 7. - с. 37-49.
15. Букаты М.Б. Формирование крепких подземных рассолов Сибирской платформы. // Нефтегазовая гидрогеология на современном этапе: теоретические проблемы, региональные модели, практические вопросы. - М.: ГЕОС, 2007. - с. 77-91.
16. Зуев В.А., Букаты М.Б., Хафизов Р.Р. Гидрогеологические условия подземного захоронения радиоактивных отходов на полигоне «Северный» (Красноярский край) // Геоэкология, 2008, № 6, с. 531-546.
17. Gaskova O.L., Bukaty M.B. Sorption of different cations onto clay minerals: Modelling approach with ion exchange and surface complexation // Physics and Chemistry of the Earth, v. 33, 2008, pp. 1050-1055.
18. Гаськова О.Л., Букаты М.Б. Термодинамическое моделирование равновесий на межфазовой границе минерал/раствор методом минимизации свободной энергии Гиббса. // Геоэкология, 2008, № 3. - с. 261-268.