Будучи аспирантом, Пономарев Д.В. являлся исполнителем работ по договору № 01/04 «Отработка методов изготовления и исследование свойств тонких оптических пленок из силоксановых полимеров, наполненных модифицированным ультрадисперсным алмазом», по гранту Министерства науки и образования РФ, программа «Научный потенциал высшей школы», грант № 416 «Исследование процесса синтеза нанодисперсных оксидов в цепном химическом процессе инициируемым импульсным сильноточным электронным пучком наносекунднойдлительности» (2005 г.).

В период с 2004 по 2006 гг. Пономаревым Д.В. были получены гранты НИИ ВН на проведение научно-исследовательской работы на тему «Синтез и исследование наноразмерных порошков оксидов материалов, инициируемые импульсным электронным пучком». Результаты работы представлены на международных и всероссийских конференциях.

В 2006 году Пономарев Д.В. был исполнителем по гранту РФФИ № 06-03-08027 «Синтез наноразмерных оксидов металлов в цепном плазмохимическом процессе, инициируемом импульсным электронным пучком» и хоз. договору № 1-2/06. В 2007 году соискатель являлся исполнителем федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2012 годы» научно-исследовательские работы по лоту «Работы по проведению проблемно-ориентированных поисковых исследований и созданию научно-технического задела в области индустрии наносистем и материалов по критической технологии «Технологии создания и обработки кристаллических материалов»» шифр «2007-3-1.3-25-01-066» по теме: «Цепной плазмохимический синтез нанодисперсных оксидов с кристаллической структурой». С 2006 по 2008 гг. Пономарев Д.В. был исполнителем по гранту РФФИ № 06-08-00147 «Исследование процесса генерации сильноточного электронного пучка наносекундной длительности и поглощение его энергии в газах и жидкостях». В 2006 г. соискатель получил индивидуальный грант Томского политехнического университета на проведение НИР «Синтез и исследование наноразмерных порошков оксидов материалов, инициируемые импульсным электронным пучком».

В 2009 г. Пономарев Д.В. являлся руководителем по проекту № 2.2.2.3/8181 по аналитической ведомственной целевой программе «Развитие научного потенциала высшей школы (2009-2010 годы)» по направлению 2.2.2.3 «Развитие научной и академической мобильности в рамках международного сотрудничества». По теме «Исследование характеристик наноразмерных порошков, полученных импульсным плазмохимическим методом» совместно с совместно с Deutschen Akademischen Austausch Dienst - DAAD (Германской службы академических обменов).

Пономарев Д.В. является победителем программы «Участник Молодежного Научно-Инновационного Конкурса» («УМНИК») по данной программе является руководителем работ по теме «Определение оптимально режима на основе цепной реакции горения водорода возбуждаемой электронным пучком для импульсного плазмохимического синтеза наноразмерного диоксида титана» 2009-2010 гг.

В 2009-2011 гг Пономарев Д.В. является руководителем гранта ФЦП «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» на 2009-2013 годы, мероприятие 1.2.2. по проблеме «Импульсная плазмохимическая переработка тетрахлорида кремния», ГК П1351 от 2 сентября 2009 г. 2009-2011 гг