Минералогический музей был создан в 1901 г. заведующим кафедрой кристаллографии и минералогии профессором А. М. Зайцевым и на сегодняшний день является старейшим музеем ТПУ. В основу первой коллекции были положены привезенные из Германии минералы фирмы Ф. Кранца. В последующие годы фонды музея пополнялись воспитанниками и профессорами Горного отделения ТТИ, ТПИ и нынешними политехниками–геологами.
Музей располагает площадями в 170 кв. м. Общий музейный фонд составляет более 12 тысяч единиц хранения. По содержанию фонды делятся на следующие коллекции:
- систематическая (классификация по химико-структурному принципу);
- коллекция природных кристаллов;
- коллекция синтетических веществ;
- коллекция поделочного и драгоценного камня;
- коллекция по месторождениям полезных ископаемых;
- исторические (в т.ч. мемориальные) коллекции.
В экспозиции Музея представлена систематическая минералогия и тематические разделы по истории минералогического музея, историческим коллекциям, роли минералов в жизни человека, декоративному и самоцветному сырью, полезным ископаемым (в т. ч. Томской области). Музей содержит интересные и редкие экспонаты - крупные друзы кристаллов горного хрусталя, аметиста и других разновидностей кварца, друзы серы, кальцита, крупные дендриты и пластины меди, самородки серебра, золота, платины, крупные блоки полированного чароита, нефрита, лазурита, малахита, редкие образцы минералов из коллекции Ф. Кранца, И. Д. Асташева, А. Иоссе, В. Н. Крыжановского и др.
География образцов минералов охватывает различные регионы не только России, но и многих стран мира (США, Германии, Франции, Великобритании, Бразилии, Чили, Китая, Японии, Австралии и др.).
Музей располагает обменным фондом; к нему относятся минералы щелочных пород Кольского полуострова, рудные и нерудные минералы месторождений Сибири и Дальнего Востока.
